Después de su fallecimiento el 18 de agosto de 1503 no tuvo directamente una tumba honrosa, como tenían los otros papas de la Iglesia Católica.

Alejandro VI. fue un papa que gozó de muy pocas simpatías y tuvo muchos enemigos. Su estilo de vida fue lujoso y libertino. Tuvo como mínimo siete o ocho hijos ilegítimos y numerosas relaciones amorosas con muchas mujeres, entre otras Vannozza Cattanei y Julia Farnesio. Esto no era raro durante el Renacimiento pero todas estas cosas y el nepotismo fueron motivo de que no recibió de momento una tumba.

En en el año 1610 se llevaron su esqueleto a la Iglesia de Santa María de Montserrat. Tuvo la intención de un sepulcro, pero al final no tuvo lugar y en 1864 se encontró sus restos y los cuales de Calixtos III. en una caja. Finalmente en el año 1889 se construyó un sepulcro para él que está en la Iglesia de Santa María de Montserrat de los Españoles en Roma.

El sepulcro de Calixto III. también se encuentra en esta Iglesia.