Merece particular mención el caso del Príncipe Carlos por “la repercusión tan grande que tuvo dentro y fuera de nuestras fronteras, además de ser una de las piezas clave de la leyenda negra antifilipina promovida por Guillermo de Orange” (www.lahistoria.org Felipe II, Antonio Carrasco) y por lo que nos dice de la personalidad de Don Juan. Los padres del desgraciado príncipe eran ambos nietos de Juana la Loca, es decir que él llevaba una fuerte carga genética. Ya desde su infancia tuvo varios episodios que dan muestra de sus problemas. Estando estudiando en Alcalá de Henares con Don Juan y Alejandro Farnesio, tiene una caída en la que se da un fuerte golpe en la cabeza. Tras aplicarle diversos remedios sin éxito su padre decide que le hagan una trepanación que aunque le salva la vida agrava su enfermedad. Físicamente tampoco estaba muy allá. El embajador veneciano Tiépolo lo describía así: “Su estatura es muy baja; su cara es fea y desagradable, su complexión melancólica…. No se observó en él propensión alguna a los estudios, a las armas y al caballo ni a otros entretenimientos honestos y agradables, sino a molestar al prójimo…. A personas que le parecen de poca consideración manda que les den de palos o que les azoten; no ha mucho se empeñaba en que castrasen a alguien. Odiaba a muchos mortalmente… Manifiesta inclinación grande en molestar a los demás. Habla con dificultad y sus discursos carecen de ilación”. El propio Don Carlos escribía. “Lista de mis enemigos: el Rey, mi padre, Ruy Gómez de Silva, -Príncipe de Éboli-, la Princesa de Éboli, el duque de Alba y muchos más”.
Su padre intentó buscarle esposa, primero María Estuardo, Reina de Escocia, luego la hermana de la reina, Margarita de Valois y finalmente la Archiduquesa Ana de Habsburgo con la que acabaría casándose Don Felipe. Finalmente desistió aconsejado por el Duque de Alba, pensando que dadas las taras de su hijo ninguna de aquellas bodas era posible
Don Carlos pensó que la boda con María Estuardo no fue posible debido a la oposición de su padre, lo que aumentó su rencor.
Se quejaba de que el Rey no le incorporaba a las tareas de gobierno.
Aspiraba a ser gobernador de Flandes, pero en la primavera de 1567 su padre nombró al Duque de Alba y él intentó apuñalar a éste. No sabiendo que hacer, el Rey le nombró Presidente del Consejo de Estado, pero lo único que consiguió fue comprobar su incapacidad.
No obstante este carácter, Don Juan de Austria, tío suyo, pero de la misma edad, fue buen amigo suyo y le apreció mucho desde que le conoció hasta la muerte del propio Don Carlos.
Cuando el Rey no le nombra Gobernador de Flandes, Don Carlos decide huir a Flandes, pero necesita la ayuda de Don Juan ya general de las galeras reales. Le pide las galeras necesarias para viajar hasta Flandes y tomar el gobierno del país, ofreciéndole el reino de Nápoles o el ducado de Milán. Don Juan se encuentra ante la posibilidad de culminar sus ilusiones, pero para ello tiene que traicionar al rey su hermano que tan bien le está tratando. Decide con pesar informar al rey, y éste decide encarcelar a Don Carlos. Don Juan vuelve a ver al Príncipe en privado y éste le amenaza con la espada porque no le dice lo que piensa el rey. El 18 de Enero de 1568, el rey encarcela personalmente a su hijo. Don Juan lleva luto por él hasta que el rey le reprende.
El rey se conmueve ante esta muestra de fidelidad a su persona y se impresiona ante su buen juicio a la hora de evaluar los acontecimientos. Cuando le recibe en el Escorial le dice: “Por fin me doy cuenta, hermano mío, de la entereza y buena índole de tu alma, y en verdad quisiera que se me presentara ocasión de demostrar que no me dejo vencer en merecimientos y en la correspondencia” (P. Antonio Osorio op. Cit.).