Finalizada la guerra en Italia y gracias al tratado de paz firmado entre Francia y España del 11 de febrero de 1504, Nápoles pasó a la corona de España. Así pues, Gonzalo Fernández de Córdoba, como general valeroso propulsor de dicha victoria fue nombrado virrey del Reino de Nápoles con amplios poderes.
Pero la reina Isabel, su valedora, murió a los pocos meses de la ratificación tratado, y el rey don Fernando el Católico entró en zozobra sin la compañía y apoyo de aquella gran reina. Incitado por recelos obsesionantes, el rey decició relevar al Gran Capitán por el arzobispo de Zaragoza y, temiendo que aquel no se dejase relevar, quiso que acompañaran al clérigo Pedro Navarro con órdenes de arrestar al Gran Capitán y apresarlo en Castelnovo, y Alberico de Tenacina para agitar al pueblo en favor del arzobispo. Afortunadamente aquel proyecto no se llevó a cabo, porque don Fernando nombró a su yerno Felipe como Rey consorte Gobernador de Castilla.
Al año siguiente, en 1505, don Fernando visitó Nápoles acompañado de su nueva mujer, Germana de Foix, a la sazón sobrina del rey Luis XII. El Gran Capitán, conocedor de los recelos que inspiraba al rey, salió a recibirlo al mar con gran agasajo, y trató de disipar sus temores por todos los medios. A pesar de ello, don Fernando comprobó personalmente que los napolitanos tenían más aprecio a su general que a él mismo, y que con su comportamiento había decepcionado a los napolitanos y a los subordinados del Gran Capitán. De este modo se dio cuenta de su equivocada opinión; el Gran Capitán había congregado a todos los Estados del reino y les recibió juramento de fidelidad a los monarcas de Castilla y Aragón en el momento en que se situó al frente del gobierno de este reino.
No obstante, Los injustificados recelos del rey aumentaron y, ya que debía regresar a España a hacerse cargo de la situación por la reciente e inesperada muerte de su yerno Felipe I, ordenó al Gran Capitán que entregase el mando y regresase con él a España. Corría el año de 1507. Una vez allí le mantuvo apartado de cargo alguno. En una ocasión le había jurado por“Dios nuestro Señor, por la Cruz y los cuatro Santos evangelios que resignaría a su favor” el cargo de Maestre de Santiago, pero faltó a tan sagrado juramento y le negó lo prometido al Gran Capitán, por lo que éste se retiró a Loja, ciudad que le concedió el Monarca, cansado y desengañado. En 1512 rompió su amistad con el rey Fernando el Católico.
Fuente: http://www.ingenierosdelrey.com