Solo un par de semana bajo el Marañón la expedición ya comenzó encontrar problemas. Les faltó sal y otros preservativos también. Algunos hombres habían conseguido los enfermedades que llevaban los insectos y mosquitos de los pantanos del Marañón. Los caballos, un mal elección de carga desde el principio estaba muriendo poco a poco.
Tal vez, peor de todo esto era el comportamiento extraño del comandante de la expedición, Pedro de Ursúa. No tenía nada de entusiasmo y negó mandar o hacer aun la mas pequeña decisión. Un narrador escribe que Ursúa solo gobernaba con Doña Inés a su lado y los soldados y criados indignas decían que estaba hechizado.
Otros narradores hablan de Ursúa en la misma manera. Dicen que Ursúa cambió desde un hombre sociable y tolerante hasta uno hostil y muy hosco. Evitaba conversación y siempre comía solo o sólo con su amante. Si Ursúa estaba enfermo os si estaba enamorada de todos modos su fracaso en ser un comandante activo eventualmente iba a dar la oportunidad de rebelión a Aguirre.