En el interior de la Península Ibérica, el avance territorial se centró en la larga guerra contra el último Estado musulmán, el sultanato de Granada. Con la caída de esta ciudad en 1492 finalizaban ocho siglos de presencia islámica en la Península. Pese a este hecho no debemos olvidar que continuó existiendo en España una importante comunidad morisca. Más adelante esta minoría será obligada a la conversión al cristianismo o la expulsión de la Península, algunos se quedaron y otros partieron. Este hecho no fue positivo ya que mucha de esta población era poseedora de un gran capital, además del vacío demográfico que suponía su marcha, pesaba más el componente racial e ideológico que el humano.

Tras la muerte de Isabel I (1504) Fernando II quedó como regente de Castilla y las tropas castellanas terminaron con la independencia del reino de Navarra en 1512, cuya política era demasiado favorable a los intereses franceses.

 Con respecto a los enfrentamientos en el exterior destacamos el conflicto entre la Corona de Aragón y Francia, esta guerra implicó forzosamente el final de la tradicional alianza franco-castellana. Por su parte Fernando II haciendo gala de su habilidad diplomática obtuvo en 1793 la devolución de los condados catalanes  del Rosellón y la Cerdaña, ocupados treinta años atrás por los franceses. A cambio se suponía que Fernando dejaría el camino abierto a Francia en el sur de Italia, donde reinaba una dinastía de origen aragonés. Pero cuando el monarca francés Carlos VIII se lanzó a conquistar Nápoles, Fernando organizó una Liga junto a otros Estados europeos y el Papa para oponerse. Como consecuencia los franceses fueron expulsados de Italia, pero esto desembocó en nuevas guerras en las que se impusieron nuevamente las tropas españolas comandadas por Gonzalo Fernández de Córdoba. Finalmente en 1505 se firma el tratado de Blois por el cual Luis XII de Francia reconocía a Fernando II de Aragón como rey de Nápoles y Sicilia.

Sin duda las victorias se lograron gracias por una parte a las armas pero sin duda esencialmente a una hábil estrategia diplomática de Fernando, de este modo logró alcanzar todos sus objetivos inmediatos y deshacerse de sus rivales directos.