A la Inquisición pujante y activa de los siglos XVI y XVII siguió, en el XVIII, otra libresca y decadente, guardiana de las estructuras ideológicas y políticas del Antiguo Régimen, y antagonista, por tanto, de las minorías ilustradas y de las corrientes de pensamiento renovador que provenían de Europa y, sobre todo, de Francia. Una institución que hizo grandes esfuerzos a fines del XVIII por impedir la propaganda de los revolucionarios franceses, y que a mediados de la misma centuria había puesto en el Índice obras de Rousseau, Voltaire, Diderot, etc…, carecía, obviamente, de futuro tras el triunfo en España, al iniciarse el XIX, de la gran revolución liberal simbolizada por las Cortes de Cádiz. Los diputados en Cádiz votaron la supresión de la Inquisición y esta desapareció formalmente durante unos pocos meses.
Tras la restitución en el trono español de Fernando VII en marzo de 1814, se inicia un retorno del Antiguo Régimen en todas sus dimensiones. Así, el 21 de julio de 1814 era restaurado el Santo Oficio. Lo hacía con voluntad reformista: con la intención, en palabras del propio monarca, de reformarlo para ser de mayor utilidad al pueblo.
La ola revolucionaria que se produjo tras el Trienio liberal en marzo de 1820 supuso una nueva supresión de la Inquisición que se apoyaba en una decisión tomada por las Cortes en febrero de 1813. La mayoría de los obispos no se opusieron a dicha medida, sólo los más reaccionarios subrayaron los peligros del anticlericalismo.
Pero el fin del Trienio abrió la puerta a la restauración, más reivindicada por la sociedad civil que por la propia Iglesia. De hecho, los obispos más reaccionarios lo que reivindicaron fue la capacidad de la jurisdicción eclesiástica para encarcelar y confiscar bienes a supuestos herejes a través de las llamadas Juntas de Fe que ya habían funcionado durante el Trienio liberal. El nuncio apoyó la creación de estas Juntas de Fe aceptando incluso que las apelaciones no fueran a Roma sino a una Junta Superior de Fe. El rey dejó hacer aunque, presionado por los países europeos, no restableció la Inquisición con tal nombre. Las Juntas de Fe estuvieron en manos de los obispos más reaccionarios.
Muerto Fernando VII, el 15 de julio de 1834 se publicaba el decreto de definitiva supresión del Santo Oficio.