Es difícil conocer el número de casos que se instruyeron. Si tomamos como ejemplo el caso de la diócesis de Orihuela, entre 1554 y 1819 se instruyeron 706 causas y en todo el territorio del Distrito de Murcia se instruyeron 4567. La distribución temporal de las causas instruidas en Orihuela fue muy desigual; entre 1550 y 1600 fue muy activa contra los moriscos y también lo fue en 1819, cuando detectó que el mayor peligro para el Estado procedía de los militares liberales.
Cuando se instruía una causa, previamente se abría una alegación fiscal. De todas las causas instruidas, sólo en un pequeño porcentaje siguieron adelante, convirtiéndose en procesos formales con sentencia. En la diócesis de Orihuela se instruyeron 170 causas sumarias, un 15% del total del Distrito. Con la apertura de causas, a veces se pretendía más atemorizar o aleccionar a la gente que llevar a cabo un proceso formal. En ningún caso se respetaba la presunción de inocencia y la carga de la prueba correspondía siempre al acusado.
El pecado, para el Santo Oficio, al ser España un Estado confesional, era un delito y por tanto, punible y perseguible por la ley. El Santo Oficio sólo podía actuar contra los bautizados; a los judíos y moriscos se les dio la opción de convertirse al cristianismo para no ser expulsados. Los grandes “pecado-delito” que motivaron la actuación de la Inquisición estaban relacionados con islamitas, judaizantes, solicitantes, bígamos, protestantes, místicos, supersticiosos, blasfemos, proposiciones y otros; siendo los islamitas y judaizantes los que motivaron mayores actuaciones. A partir del s. XVIII, la Inquisición derivó hacia una especie de policía, vigilante de la moral y las buenas costumbres, concentrando su actuación principalmente en los delitos de proposiciones (proposiciones teológicas consideradas heréticas), solicitantes (proposiciones deshonestas en el confesionario, del confesor a la confesada), supersticiones, bigamia, etc. Este hecho no hace sino revelar una clara falta de vitalidad. El aumento del delito de proposiciones en el s. XVIII obedecía a que la Inquisición no tuvo buena relación con los Ilustrados de la época.
Realmente los inquisidores apenas se movían de la sede del Tribunal. El inicio de una causa inquisitorial podía llegar por tres conductos: 1) Por iniciativa de la propia Inquisición. Esta modalidad, pasados los primeros tiempos, cayó en desuso. 2) Por acusación de terceras personas. Esta vía tampoco se utilizó demasiado, ya que si no se verificaba la acusación, la pena podía recaer sobre el denunciante. 3) Por delación. Este fue prácticamente el único procedimiento utilizado. El acusador denunciaba, de forma vaga y sin comprometerse, la posible existencia de un delito. Existía también la “espontánea”, una especie de autoacusación en la que el acusado se inculpaba ante la certeza de que iba a ser denunciado, intentando con ello obtener un trato más benevolente por parte del Tribunal. La “espontánea” era muy interesante para la Inquisición ya que frecuentemente, al propio tiempo que se autoculpaba el acusado, delataba a otros. Estas acusaciones se llevaban a cabo ante el comisario, el Tribunal de Distrito e incluso el Consejo de la Suprema.
El proceso inquisitorial constaba de las siguientes fases:
La “Sumaria Instrucción”, que comprendía: 1) Ratificación del delator, 2) Declaración de testigos. En ella se valoraba la presentación de testigos (“contestes”), si estos no existían se solía suspender el proceso. 3) Recorrido de registros. Era una búsqueda de “antecedentes penales” del acusado y a veces también de sus allegados más directos. La mayoría de los procesos acababan en esta fase, ya que se cumplía uno de los objetivos de la Inquisición, que más que castigar, era difundir el miedo.
La segunda de estas fases era el Encausamiento. Si se pasaba de la “Sumaria”, se iniciaba la instrucción de la causa propiamente dicha. Constaba de las siguientes partes: 1) Calificación por parte de los teólogos. 2) Formulación de la petición de arresto por el fiscal u orden de prisión. 3) Embargo de bienes del reo y de sus familiares para resarcirse de las costas de la causa. Estos bienes se confiaban normalmente a un administrador.
La tercera fase suponía el proceso propiamente dicho, dividido en: 1) Audiencias de monición, en las que se pretendía “sondear” y conocer al reo, antes de comunicarle la acusación que pesaba sobre él. 2) Tormento, que estaba regulado y dependía del tipo de delito y se llevaba a cabo en presencia de un médico y cuya finalidad era que el reo confesara su delito si no lo había hecho ya en las audiencias de monición. 3) Audiencia de cargos, donde se presentaba la acusación formal. En esta fase el reo contaba con asistencia letrada aunque no existía la presunción de inocencia y correspondía al acusado presentar la carga de la prueba. Por otra parte, el tribunal nunca comunicaba al reo la identidad del delator.
Si se llegaba al encausamiento, todas las actuaciones debían remitirse a la Suprema para su revisión.
Finalmente la Sentencia suponía: 1) Consulta de fe. 2) Calificaciones definitivas. Y por último, 3) Pronunciamiento de condena con un sentido penitencial y proporcionada al delito. Oscilaba entre la simple admonición y la condena a morir en la hoguera, existiendo una serie de condenas intermedias como el sambenito, azotes, multas, destierro, galeras, etc. Prácticamente no hubo sentencias condenatorias, aunque se procuraba que las penas no fueran muy severas. La tortura dentro del proceso no era obligatoria, se empleaba cuando el reo entraba en contradicciones o era incongruente con su declaración, cuando realizaba sólo una confesión parcial o negaba que su acción fuera herética. También hay que recordar que la tortura no era algo practicado únicamente por la Inquisición sino que más bien era habitual en todo el procedimiento penal del Antiguo Régimen.
Según Benasar, el miedo a la Inquisición provenía principalmente del misterio e incertidumbre que rodeaban a los procesos, al embargo de bienes y a la infamia que pesaba sobre el linaje del condenado. Más de la mitad de los encausados pertenecían a clases acomodadas. Debe recordares que la naturaleza de la Inquisición era netamente política y sus actuaciones más señaladas fueron instigadas por el Estado e incluso, a veces, por el mismo rey.