La Inquisición no fue un invento moderno; la modernidad, en todo caso, otorgó un discurso de racionalidad a la represión que ya se venía haciendo desde el s.XIV de los judeo-conversos. El problema no es tanto la invención de la Inquisición sino su continua reinvención al servicio del poder dominante del momento en cada una de sus etapas históricas y hasta su desaparición formal.
La Inquisición fue muchas cosas al mismo tiempo: tribunal con jurisdicción especial para combatir la herejía, institución con todo su aparato administrativo, empresa paraestatal con cuentas deficitarias, instrumento aculturador o educador -a su manera- en el contexto de la estrategia pastoral de la Reforma católica… Más allá de esta múltiple identidad, la Inquisición ha sido un símbolo a escala hispánica y a escala universal.
Como símbolo hispánico, a la Inquisición se le ha asignado la condición del más representativo indicador de la identidad hispánica presuntamente violenta, necrófila, irracional y salvaje a los ojos de las miradas foráneas. La Inquisición ha sido vista como el lastre histórico español que ha estigmatizado nuestra identidad bajo el signo del extrañamiento y la insuperable diferencia frente al resto de Europa.
Como símbolo universal, a escala universal, la Inquisición ha representado el paradigma de la intolerancia, de la coacción, del enterramiento de la libertad de pensamiento en nombre de la fe de la que sólo unos pocos tienen el monopolio interpretativo.
Realidad objetiva y representación simbólica no pueden desligarse de la función histórica de la Inquisición. La historia de la Inquisición es la historia de sus usos, de las múltiples y variadas amortizaciones de su identidad que se han producido a lo largo del tiempo. La Inquisición fue un poder activo, por una parte, en tanto que beligerante ante un magma borroso llamado herejía; pasivo por otro lado, en tanto que beneficiario de la capacidad de exenciones y privilegios que le permitían situarse en los márgenes del sistema. Pero ante todo, un poder muchas veces indefinido que basó su legitimidad fundamental en sus oscuras señas de identidad motivado por la oscuridad del objeto de la herejía que le servía de coartada. Fue justamente el medido carácter ecléctico, la indeterminación de su naturaleza, la fuente básica de su poder. Una indefinición que permite precisamente una pluralidad funcional de usos. El poder camaleónico inquisitorial se movió siempre en la órbita de los dos clásicos poderes: Iglesia y Estado, tanto en la cúspide central como en la vertiente local.
La Inquisición moderna se nutrió de la identificación entre Iglesia y Estado lo mismo que ya había hecho la Inquisición medieval. La gran novedad radicó en que la Reforma abrió el sentido de la competencia confesional, convirtió a los files-súbditos en potenciales clientes, con la angustia de la amenaza de la pérdida del monopolio por parte de los viejos propietarios y convirtió Europa en un gigantesco mercado religioso. La Inquisición lo que hizo fue simplemente sujetarse a lo que se le pidió en cada momento, buscando siempre blindar el mercado clientelar, eso sí con progresiva voluntad de autonomía o independencia. En definitiva, la Inquisición se constituyó como un tercer poder de enorme capacidad intimidatoria que constituyó siempre un objeto de deseo tanto para la Iglesia como para el Estado. En esencia, la historia de la Inquisición es la historia de los usos diversos que de ese tercer poder hicieron e intentaron hacer la monarquía y el papado.