Algunos autores como Puigblanch resaltan la dureza que la Inquisición tuvo hacia las mujeres: “si no es disimulable en un tribunal la dureza con los reos generalemente hablando, es absolutamente imperdonable cuando la extiende a personas del bello sexo. Horroriza la multitud de víctimas de esta clase que sus autos presentan inmoladas no tanto por sus opiniones, cuanto por el antojo y crueldad de los inquisidores… Pasaron de treinta mil las supuestas Circes y Medeas que la Inquisición envió al brasero en el espacio de cinto cincuenta años. Aun cuando la tierna edad y la hermosura se unieran a la amabilidad del sexo no pudieron ablandar las duras entrañas del orgulloso inquisidor”.
Lo cierto es que el protagonismo de las mujeres en el conjunto de los procesos inquisitoriales fue muy alto entre los conversos (en Toledo osciló entre el 40 y el 47 por ciento), entre los moriscos (entre el 16 y 41 por ciento), en el iluminismo (entre el 52 y 64 por ciento), pero en cambio fue muy bajo entre los protestantes (del 3 al 5 por ciento), las ofensas contra el Santo Oficio (del 10 al 19 por ciento), las proposiciones heréticas (entre el 3 y el 8 por ciento) y la bigamia (del 15 al 25 por ciento). Pero la sanción penal tuvo criterios discriminatorios contra el sexo, contrariamente a lo que dice Puigblanch. En Barcelona, de 1561 a 1600 ninguna mujer fue condenada a muerte. Incluso el tormento se les aplicó menos: se han llegado a cuantificar las vueltas de cordel del tormento con un máximo de 10 en el caso de las mujeres frente a los 22 del caso de los hombres. La discriminación positiva, en este caso al menos, a favor de la mujer parece un hecho incontrovertible.