El papado con el fin de someter no sólo a los cristianos, sino también a los obispos, bajo su jurisdicción, recurrió a una nueva institución, cuyos orígenes se remontaban al s. XII, pero que no se organizó definitivamente hasta el segundo cuarto del s. XIII: la Inquisición.
La persecución de la herejía y la condena de herejes eran actividades que los obispos tenían como obligación y los pontífices venían realizando desde el origen de la Iglesia a través de bulas o decretos conciliares. ¿Qué misión nueva aportaron los pontífices, en este periodo tan crítico para la Iglesia, cuando ordenaron a los obispos hacer “Inquisición”? La palabra Inquisitio (del latín inquirire) tiene su origen en el procedimiento inaugurado por el papado a finales del s. XII y comienzos del s. XIII. Hasta estas fechas, el procedimiento criminal usado por los tribunales eclesiásticos para perseguir la herejía era el procedimiento acusador romano, en el que el juez no investigaba por sí mismo, sino que se dejaba a un acusador la responsabilidad de hacerlo. El acusador jugaba el papel demandante, era el que investigaba y buscaba las pruebas destinadas a convencer al juez y obtener de él una condena. El procedimiento que instauraron los papas Lucio III e Inocencio III consistió esencialmente en una encuesta hecha por el propio juez, contradictoriamente, con el preso, encuesta a cuya finalización el juez pronunciaba la sentencia. Este tipo de encuesta, que fue aplicada a la herejía en determinadas condiciones, constituyó la Inquisición propiamente dicha.