La persecución inquisitorial se dirigía hacia tres frentes principales: judaizantes y moriscos, protestantes y erasmistas y, en fin, contra brujería. Otros delitos, como la bigamia o la sodomía pertenecían al ámbito civil, mientras el tribunal atendía, sobre todo, los de herejía y blasfemia; pero con el pretexto de herejía entraba también a investigar aquellos. Principalmente se ocupó de conversos o personas que habían pasado de la religión judía a la cristiana; si judaizaban o mantenían ideas o prácticas de origen, eran condenados. Las conversiones ficticias o interesadas se perseguían, como posiblemente también sus riquezas …
Junto a ellos, otra minoría racial y religiosa proporcionaría víctimas a la fe; algunos autores han denominados a unos y otros como antimártires. Como el mundo judío, el mundo moro produce asombro y extrañeza al cristiano viejo, le excita su crueldad y deseos de persecución contra cuanto difiere. Los clérigos responsables de la cultura alta y baja del pueblo están en plena sintonía.
Alumbrados, erasmistas y protestantes forman diversos sectores de la espiritualidad española del siglo. Sus conexiones con los conversos son múltiples, pero ante la Inquisición, son otros los problemas y su destino. La Inquisición fue decisiva como instrumento capaz de agotarlos y extirparlos del suelo hispano.
Tiempos de exaltada religiosidad en los que Dios está presente en todo. El hombre del renacimiento español apenas sabe expresar sino a través de la religión. Siglo de iluminados y beatas, entre los que unos suben a las alturas como San Juan de la Cruz o Juan de Valdés y otros viven la pasión religiosa de forma distinta: junto a vivencias místicas, hay realidades más humanas; junto a ortodoxos, heterodoxos. Las delaciones y el tormento ayudan a configurar, en un plano de horrores y absurdos, la historia espiritual de aquellos años, al menos en cierta parte…