Poc abans de morir, Calixt III atorgarà al seu nebot Roderic de Borja el bisbat de València. Comença aleshores una nova relació entre Roderic i la capital del regne valencià. Les relacions entre Roma i València gràcies al nou bisbe (i posterior pontífex) van ser cabdals perquè arribés la influència renaixentista a la ciutat, de mà dels valencians que viatgen a Itàlia per treballar a la Cúria romana i que s’ameraran dels nous corrents artístics, de mà també d’artistes que arribaran a València enviats per Roderic.
Aquest serà el cas d’autors com Francesco Pagano o Paolo di San Leocadio, que es van establir a la ciutat l’any 1472 a instància del bisbe titular, Roderic, perquè decoraren la Seu valenciana. Aquestos dos autors van redecorar amb pintures renaixentistes la bòveda del presbiteri, que poc temps abans havia patit un incendi. També a la catedral de València, Roderic impulsarà la construcció d’una capella per donar cabuda a les restes de Sant Lluís de Tolosa. Hui s’ha reconvertit en la capella de sant Francesc de Borja. Roderic també va encomanar les imatges de Sant Vicent Ferrer i Sant Vicent Màrtir que hi ha al transagrari. Més enllà d’aquestes comandes, la presència dels Borja és present al temple en forma d’escuts i un medalló amb la seua imatge a la portada barroca de la catedral.
A més, cal afegir que des del 1485 la família Borja va ser propietària del Palau de Benicarló, actual seu de les Corts Valencianes. No debades l’altre nom amb què és coneix l’edifici és el “Palau dels Borja”. I tot i que l’obra de construcció del palau la començà el fill de Roderic, Pere Lluís de Borja, tot sembla indicar que aquesta és una passa més en el pla preconcebut de promoció social que el futur papa havia ideat per a la seua família. Així doncs, l’edifici fou adquirit abans de l’obtenció del títol del ducat de Gandia. Per tant, el Palau de Benicarló, un palau a la capital del Regne, amb un afany d’imitar els palaus urbans italians (tot i l’estil medieval que domina el conjunt) i amb una ubicació estratègica (al cor de la ciutat, a tocar de la Seu) era una forma d’ostentació d’una família que, en poc temps, havia ascendit gairebé del no-res i que ara buscava títols i palaus amb què enaltir el llinatge i donar una imatge de força i poder.
Una darrera nota sobre el paper que el papa Alexandre VI exercí envers la ciutat en la que es va criar i de la que ocupà la seu és que amb la butlla que concedí el 23 d’abril de 1501, reconegué l’Estudi General de València (l’actual Universitat de València) i autoritzà l’arquebisbe a atorgar títols universitaris.