El Vaticà esdevingué, amb el seu ascens al soli pontifici, la residència d’Alexandre VI. Com és d’esperar, el papa no tardà a acomodar-s’hi i per ordre seua s’adossà una torre (la Torre Borja) al palau de Nicolau V. Dues estances d’aquesta torre, juntament amb quatre del palau de Nicolau V serà el que configure la seua residència privada, els anomenats Apartaments Borja. Les sales són les de les Sibil·les, la del Credo, la de les Arts Liberals (gabinet de treball del papa), la dels Sants, la dels Misteris de la Fe i dels Papes. En la decoració de les estances, Roderic no escatimà ni gust ni diners, i va recórrer per al pintor Bernardino di Betto, conegut com a Pinturicchio, per pintar bona part dels interiors. A la mort del pontífex aquestes cambres seran abandonades i només a finals del huit-cents es tornaran a obrir al públic. Hui aquestes estances recullen la colecció d’art religiós modern del Vaticà.