Las relaciones de Carlos I y Felipe II con el Papado están llenas de luces y sombras. Éstas, vienen motivadas por dos razones fundamentales: El poder terrenal de los Papas que entraba en conflicto, sobre todo, con los dominios italianos de los Austrias, al norte y al sur, de los Estados Pontificios y por otra parte, el gran poder de ambos monarcas con prerrogativas para el nombramiento de cargos eclesiásticos y gran influencia en el ámbito religioso.Y como telón de fondo de estas cuestiones, por si no fueran suficientes, nos encontramos en el XVI ,en Europa ,el terremoto que supuso la Reforma Protestante.
Como ejemplo de lo primeramente expuesto podemos citar, la alianza de Clemente VII con Francisco I de Francia para contrarrestar el poder imperial, lo que provocó el famoso Saco de Roma, como suceso sangriento de pillaje de la ciudad por tropas españolas y alemanas.
De lo segundo, puede dar muestras el propio proceso de Carranza donde Felipe II se alinea con la Inquisición frente al Papado, decidido a llevar el asunto a Roma.
Para resolver la controversia luterana, Carlos I era partidario de buscar la solución en un Concilio General pero cuya convocatoria dependía de Clemente VII ,que lo fue demorando por la segura exposición pública de la corrupción de la Curia pontificia.