Podemos decir que la vida de Carranza termina realmente la noche del 22 de Agosto de 1559 cuando fue preso por la Inquisición mientras dormía.
Fernando de Valdés, el Inquisidor General no era teólogo por eso, el 1 de Diciembre tenia a dos famosos teólogos examinando el Catecismo: Domingo de Soto y ¡por supuesto! Melchor Cano que se encontró decididamente inscrito del lado inquisitorial.
La censura de Cano será la más extensa, la más acerada y la más adversa de todas: Desciende en ocasiones a pequeñeces, mas en general alerta contra errores que cree sumamente graves y no vacila en aplicarles los calificativos más fuertes, reductibles a dos fundamentales: luteranismo y alumbradísmo. Nada cuentan para él el contexto u otras páginas de la obra, sólo cuentan las palabras. Ante algunas como seguridad, confianza, certeza, consuelo, querrá ver esencias protestantes. Si Carranza ensalza la fé, Cano deduce que niega las obras o la preeminencia de la caridad, si aquel se acogía a los méritos de Cristo, éste suponía que negaba el mérito del hombre y de las obras.
Sabemos que aunque Cano pretendiese encarnar el canon de la objetividad, su disposición anímica ante Carranza distaba de la imparcialidad requerida.
La Inquisición defendió en cualquier caso el papel de Cano frente al rey y ante Rom