La promulgación de las Leyes Nuevas tuvo importantes consecuencias por parte de la negativa de los encomenderos a verse privados de sus derechos, hasta el punto de que en 1545, sólo dos años después, Carlos I suprimiera el capítulo 30 de las Leyes Nuevas donde se prohibía la encomienda hereditaria, como ya hemos comentado anteriormente.
Fue en 1550 – 1551 cuando se trasladó la conocida como polémica de los naturales de los indios al Colegio de San Gregorio de Valladolid, donde las dos posiciones antagónicas sobre el modelo de conquista fueron expuesta por Bartolomé de Las Casas y Juan Ginés de Sepúlveda.
Por su parte, Juan Ginés de Sepúlveda defendió las ideas de guerra justa contra los indígenas a causa de sus pecados e idolatría, mientras que Bartolomé de Las Casas, como pionero de la lucha por los derechos humanos, defendió la igualdad entre europeos e indígenas.
Democrates, secundus sive de justid belli causis fue la obra donde Sepúlveda recogió sus principales ideas: la defensa de la conquista de las nuevas tierras americanas, la inferioridad de los nativos frente a los españoles y el consecuente empleo de esclavos en la explotaciones imperiales. Humanista de corte europeo, buen conocedor del latín, con una buena formación aristotélica, cuya doctrina seguía fielmente, Ginés de Sepúlveda se convirtió en el defensor oficial de la conquista, colonización y evangelización de la población indígena, justificando así el derecho de unos pueblos sobre otros ya que consideraba que se trataban de pueblos sin civilizar.
Bartolomé de Las Casas contestó a Sepúlveda con sus Treinta proposiciones muy jurídicas, que finalmente provocó la reunión en la ciudad de Valladolid, en la cual participaron Domingo de Soto, Bartolomé Carranza y Melchor Cano, posteriormente sustituido por Pedro de la Gasca. Por su parte, la defensa lascasiana se fundamentaba en la igualdad genérica del ser humano al margen de cualquier posición política y la necesidad de que los españoles abandonaran América, limitándose a la evangelización sin apoyo militar ninguno.