La idea de progreso, representada por la nueva ciencia, va a representar la introducción de un nuevo método. Se queda obsoleta la vieja ciencia, y el científico ya no especula de forma teórica, si no que observa empíricamente y experimenta. El científico se atreve a indagar.
Estos procesos experimentales se convierten, por tanto, en indispensables para la ciencia y se usan las matemáticas como método para explicar la realidad.
Si Aristóteles era el padre de la ciencia antigua con su técnica de la deducción (pasar de preceptos universales a particulares), Bacon introduciría los preceptos para que se pudiera llevar a cabo en su novum organum la nueva ciencia. Sería el método indutivo.
Ademas surgen dos partes del método que fija Bacon:
- La parte critico-negativa (o pars destruens) en el cual se destruyen, a raíz de la duda, todas las hipótesis anteriores que no tengan una base irrefutable a través de los métodos de la nueva ciencia.
- La parte constructiva (o pars construens) donde se lleva a cabo la inducción para alcanzar el conocimiento verdadero.