Las diócesis plantean problemas porque no respetan los límites de los reinos. Las distintas velocidades de conquista y la tendencia a reproducir las diócesis del s. VIII, llevaron a una división episcopal irracional de los reinos; sin embargo, la división episcopal tras el paréntesis musulmán poco tenía que ver con el de la cristiandad del s. VIII.
A inicios de la Edad Moderna hay una diócesis con sede en Valencia que comprende todo el reino: Tortosa, Albarracín, Cartagena, pequeños enclaves en las diócesis de Mallorca, Teruel o Zaragoza.
Tras la conquista musulmana los territorios del norte fueron incorporados a la diócesis de Tortosa restaurada por el arzobispo de Tarragona en 1151 (año del tratado de Tudillén).
Los límites de la diócesis de Tortosa fueron fijados por Alfonso el Casto (1178), incluyendo en ella ciudades musulmanas con sus respectivos distritos que aun no habían sido conquistadas. Comprendía gran parte de la actual provincia de Castellón (Morella, San Mateo, Albocacer, Vinaroz, Castellón). Tras la conquista efectiva se respetará esta delimitación.
La diócesis de Albarracín se constituye en 1172. Poco después el arzobispo de Toledo la denominó Segobricensis, identificándose erróneamente Segóbriga con la antigua diócesis visigoda de Segorbe, por lo que en 1244 se pretende reinstaurar la antigua diócesis visigoda con las consiguientes diferencias con Albarracín. La solución llega con una bula del papa Alejandro IV en 1259 según la cual aunque existan dos diócesis estarán indisolublemente unidas bajo la administración de un mismo obispo: diócesis Segorbe- Albarracín, que engloba territorios del reino de Valencia y del de Aragón. Esta situación dio lugar a múltiples conflictos hasta que Gregorio XIII con la bula Regimini Universalis Eclessiae (1577) concedió la segregación extendiéndose su territorio por las provincias de Castellón y Valencia. Esta adecuación de los límites diocesanos a las fronteras políticas tiene dos excepciones: Santa Cruz de Molla y Arcos que siguen perteneciendo a la diócesis de Segorbe pasando respectivamente a Castilla y Aragón a fines del s. XIII. Ello condicionó el territorio que comprendía el obispado de Valencia en el momento de su constitución.
Jaime I se había comprometido ante las Cortes de Monzón en 1236 a dotar a Valencia de una diócesis. En 1238 se bendice la mezquita mayor convirtiéndola en catedral, y se eligieron 10 mezquitas más para ser transformadas en parroquias. En esta época se generó un largo contencioso entre Tarragona y Toledo sobre la adscripción de esta nueva diócesis.
Buena parte del norte y el noroeste del reino ya se encontraba ocupado por la diócesis de Tortosa y Segobriga-Albarracín, por lo que faltaba delimitar por el sur hasta la frontera con castilla trazada por el tratado de Almizrra.
En el reino de Murcia, se crea una diócesis en Cartagena, en vez de en Murcia, porque allí había habido una antigua diócesis. En 1261 parte de los territorios de la diócesis de Cartagena pasa a depender de la Corona de Aragón al incorporarse a esta el valle del Ayora en virtud de las paces de Campillo. La situación considera inconveniente y intenta un cambio de obispado pero el valle de Ayora sigue perteneciendo a la diócesis de Cartagena durante 3 siglos. Disputa entre los obispados por la percepción de diezmos y primicias. Con la incorporación de los territorios del Sur el problema se agrava. El territorio incorporado por la sentencia de Torrellas y Elche, las comarcas del antiguo reino de Murcia, quería independizarse de la diócesis de Cartagena con el apoyo de los reyes de Aragón. Esta desmembración de Orihuela de Cartagena fue un proceso lento marcado por la creación de la iglesia de San Salvador (1281) y7 su ascenso a Colegiata por Benedicto XIII (1412), acto confirmado seis años más tarde por el rey Martín V. En 1442, en el concilio de Basilea, se logra la independencia de la diócesis de Orihuela y nombra a su primer obispo. Pero debido a las turbulencias políticas y religiosas las bulas de Basilea fueron canceladas y Orihuela volvió a depender de Cartagena, lo que entraña nuevas tensiones que se intentan resolver en 1461 con la Concordia de Logroño, que concedía a Orihuela un vicario general con plenos poderes. En 1510 una bula de Julio II vuelve a independizar a Orihuela pero también fracasará. Finalmente se realizan un requerimiento a Felipe II y un memorial a las cortes de Monzón (1563) para obtener la segregación de la diócesis de Cartagena que llegaron a buen puerto en 1564 cuando Pío IV independiza la diócesis de Orihuela y nombra obispo a Gregorio Gayo de Andrade quien poco antes había estado convocado para el Concilio de Trento. . Con la independencia del obispado de Orihuela quedaron en su seno todos los territorios valencianos que habían pertenecido a la diócesis de Cartagena, incluyendo Caudete y Ayora.
El Concordato de 1851 contempló el traslado de la sede episcopal de Orihuela a Alicante pero no se llevó a la práctica. En 1959, bajo el papado de Juan XXIII, la sede pasó a llamarse Orihuela-Alicante. En 1950 Caudete pasó a formar parte de la recién creada diócesis de Albacete a cambio de que dentro de la diócesis Orihuela-Alicante entraran Sax y Villena. El Concordato de 1953 trata de encajar los límites diocesanos con los de las regiones. Algunos territorios de la Comunidad Valenciana como Requena o Villena que pertenecían a las diócesis de Cuenca y Cartagena respectivamente se adscribieron a Valencia en 1957.
Cabe mencionar 3 enclaves de escasa entidad pertenecientes a otras diócesis foráneas: Olocau: pertenecía a la diócesis de Zaragoza y no cambia de diócesis ni siquiera al incorporarse al reino de Valencia en 1271, pero desde 1622 empieza a aparecer en las relaciones de ad limina (visitas que los obispos realizaban a las distintas parroquias de sus diócesis para ver su estado) del obispado de Valencia. Betxi: Pertenecía a la diócesis de Zaragoza y luego pasó a la de Teruel donde permanece hasta inicios del s. XIX según el diccionario estadístico de Madoz. Canet d’en Berenguer: localidad cercana a Sagunto, se adscribe a la diócesis de Palma de Mallorca, pero en el s. XVII aparece en las relaciones ad limina de la diócesis de Valencia.