En la guerra de Granada impresiona su decisión. En Lepanto su estrategia táctica.
La campaña de 1572 se pierde por las vacilaciones del rey que le hacen llegar tarde.
No fuerza la sublevación de los cristianos de Morea que hubiera ayudado mucho.
Decisión rápida y oportuna en la toma de Namur.
Resulta por ello muy difícil valorar el genio militar y el talento por una sola hazaña.
No se le puede quitar que se reveló como un caudillo de hombres. Gran don de gentes que le permitía obtener la adhesión de soldados y marinos. Daba la cara en primera línea lo que enaltecía y sublimaba a sus soldados. Tenía buenos detalles. Fue a visitar el hospital de Mesina y repartió entre los heridos el premio de 30.000 ducados que le habían regalado. Era un jefe carismático que se atrajo el cariño y el apoyo de los dos papas Pío V y Gregorio XIII que soñaban que Don Juan devolvería Inglaterra a la cristiandad.
Tuvo una Fe sencilla y humilde pero profunda. Fue un practicante episódico.
Tuvo conciencia de pecador.
Rezó en muchas ocasiones: para conseguir la victoria, la curación de Don Luis de Quijada después de su herida en Granada, después de la muerte de la reina Isabel.