Desembarcó en las costas de Túnez el 9 de Octubre de 1574 y el 10 se presentó a las puertas de la ciudad. Las tropas turcas se habían internado en el país. Bizerta se rindió sin luchar. El 12 de Noviembre estaba de vuelta en Nápoles.
Don Juan pensaba conservar Túnez. El Papa Gregorio XIII con quien lo comentó era de la misma opinión. También convenció de esta idea a su secretario Juan de Escobedo.
Escobedo sustituía en su cargo al anterior secretario Juan de Soto por inspiración de Antonio Pérez, que creía que éste alimentaba las aspiraciones de Don Juan sobre la realeza.
Antonio Pérez, secretario de Felipe II, muy al tanto de la cultura italiana donde había vivido varios años, inteligente, ambicioso y desprovisto de todo sentido moral pretendía dominar el espíritu del Rey. Tuvo la suerte de sustituir al príncipe de Éboli en el Consejo de Estado ampliando así el campo de su influencia. Tuvo al principio buena influencia en las relaciones del Rey y de Don Juan. Al final fue otro cantar.
Nuevamente se le ofrecía la posibilidad de un reino propio, esta vez conquistado por él mismo. Sus ambiciones no eran desconocidas., pues tanto el Nuncio como el propio papa Gregorio XIII se dirigieron al rey Felipe II a principios de 1574, pidiendo que a don Juan se le invistiera del título de Rey de Túnez. El papa añadía que a continuación Don Juan podía llevar la empresa de Inglaterra y casarse finalmente con María Estuardo, que era una vieja aspiración de Don Juan. La respuesta fue negativa, aunque el rey aseguró que los méritos de su hermanastro no dejarían de recompensarse. Era evidente que Felipe II no llegaba a confiar plenamente en las intenciones de su hermanastro. Antonio Pérez se había ganado la confianza de Don Juan. Se escribían regularmente. El rey conoció durante años el contenido de esta correspondencia, la supervisaba e incluso corregía, animando las críticas hacia su persona, para conocer los pensamientos y planes de don Juan de Austria. Aunque el proyecto de Don Juan tenía una gran coherencia geopolítica y hubiera significado un dominio casi absoluto de la cuenca occidental del Mediterráneo, el Rey se opuso firmemente. Estaba en una grave crisis financiera y necesitaba todos los recursos para los Países Bajos a los que no quería renunciar.
El proyecto de Don Juan necesitaba la autosuficiencia del reino de Túnez que no tenía.
Su hermano tenía una visión más global que escapaba al príncipe. En Abril de 1574 vuelve a Génova a requerimiento del rey. Don Juan pide de nuevo al rey el título de infante de España y el tratamiento de Alteza. Don Felipe le dice que lo pensará. En cambio le otorga poder supremo para el gobierno de Italia.