No parece cierto que Felipe se haya portado injustamente con Don Juan.
Felipe “Prudente” y Don Juan el “Imprudente”.
No hay pruebas evidentes de los celos de Felipe. Sin embargo, en el epìsodio del asesinato de Escobedo parece que ha quedado claro que el rey lo ha consentido, y ello no ha podido ser sino porque ha creído a Antonio Pérez en sus insidias sobre Don Juan.
Podía el Emperador haber reconocido a su hijo bastardo en vida.
Felipe lo reconoció con cariño, lo dotó de una casa y le dio una dote superior a la que su padre le había pedido. Lo entronizó en la Orden del Toisón de Oro. Lo envió a estudiar a Alcalá de Henares con su hijo y Alejandro Farnesio. Cuando se dio cuenta de su inclinación por las armas le dio toda clase de facilidades. Lo nombró almirante de la Armada con 20 años, y muy pronto capitán general de todas las fuerzas del mar. Cuando el 30 de Diciembre le pide el mando supremo en la Guerra de Granada, se lo concede en Abril a pesar de su falta de experiencia.
Tampoco hay motivos serios para suponer que Felipe tuviera celos después de la batalla de Lepanto. No hay que olvidar que le pidió a Lope de Figueroa que le contara por tres veces la relación de la hazaña.
Don Juan fue un héroe incómodo (Gregorio Marañón) por su “sueño de rehabilitación” que se materializó inicialmente en el título de Alteza. Todo el mundo le trataba de Alteza aunque Don Felipe no se lo hubiera otorgado. Luego se materializó en un reino alentado por los papas.
Don Juan soportó sin abandonar nunca su lealtad las evasivas incluso negativas de Don Felipe, pero siguió acosando a su hermano.
La irritación de Don Felipe con Don Juan estaba justificada en su desobediencia a sus órdenes de desmantelar las fortificaciones de Túnez, a sus instrucciones de ir sin demora a Génova. En 1575 y 1576 se fue a España en contra de la voluntad explícita del rey a discutir sus planes y exponer sus proyectos.
Cuando está en Flandes y confía en Antonio Pérez, éste le traiciona, falsea sus cartas y hace creer al rey que Escobedo es el que le impulsa. El rey permite su asesinato. Don Juan se encuentra aislado. No puede con la pérdida del cariño y de la confianza de su hermano. Le parece que es víctima de una injusticia profunda. Había sido incómodo, pero nunca desleal. Había sacrificado todas las oportunidades de satisfacer su ansia de tener un reino. Toma las medidas políticas y militares para que le suceda Alejandro Farnesio y se dispone a morir.