El rey ordena a don Juan de Austria que se dirija inmediatamente a los Países Bajos como gobernador. Don Juan de Austria desobedece el mandato real y en lugar de eso acude a Madrid, para conocer las posibilidades del plan inglés, los apoyos que su hermano le iba a ofrecer y en qué condiciones acudiría a Bruselas. Felipe II rechaza de nuevo su petición de concederle el título de infante de Castilla y con ello el ambicionado tratamiento de Alteza Real, pero, a cambio, acepta su sugerencia de un mando único en sus manos. Sobre una eventual invasión de Inglaterra, Felipe II no se manifiesta de manera concluyente. En el camino a Flandes se encuentra con su madre, la cual, después de conversar con él decide irse a España, donde se le asigna casa y pensión y acaba muriendo allí.
Poco antes de la toma de posesión de su cargo, los tercios hartos de no cobrar su paga, invaden Amberes y llevan a cabo el conocido como “saqueo de Amberes”. No era en absoluto un buen comienzo. Don Juan llevaba instrucciones precisas de su Majestad. Felipe II le había encomendado que restaurase la autoridad real y la religión católica, y que después, consolidase la paz realizando concesiones tales como retirar las tropas españolas o deshispanizar la administración y este acontecimiento no iba a ayudar mucho.
El día 8 de Noviembre de 1576, los representantes de las provincias, hartos de la guerra y de los desmanes que cometían las tropas, acordaron unirse contra la corona poniéndose de acuerdo en los siguientes aspectos:
- Las tropas españolas debían abandonar los Países Bajos.
- Los estados generales podían legislar por iniciativa propia.
- Declaración de una amnistía para los rebeldes holandeses.
- Confirmación de los privilegios de la nobleza y la Iglesia.
- Guillermo de Orange actuaría como jefe del gobierno al lado del tutor nombrado por el rey.
El 5 de enero de 1577, Don Juan aceptaba el contenido del acuerdo mediante el Edicto Perpetuo que firma el 17 de Febrero.
Don Juan considera lograda la paz y en junio de 1577 envía a, Escobedo, a España para que a través de Antonio Pérez, lograse su regreso o bien obtuviera medios para invadir Inglaterra. El rey rechaza su regreso a España. En ese momento, la situación en Flandes había empeorado. En julio de 1577, don Juan de Austria rompe el pacto y reemplaza las tropas de Namur por alemanes. En agosto ordena el regreso de los tercios que se encontraban en Milán, pues gracias a la flota de Indias, que llegó a Sevilla en agosto de 1577, el rey disponía de fondos para pagarlos.
En septiembre, Guillermo de Orange planteó su ultimátum: Don Juan debía entregar todas las ciudades, licenciar las tropas y retirarse a Luxemburgo. Lejos de acceder a lo solicitado, don Juan esperó la llegada de los tercios, al mando de su viejo amigo y sobrino Alejandro Farnesio.
La llegada de los tercios permitió que don Juan emprendiera una ofensiva militar. El 31 de enero de 1578, los tercios derrotaron a los Estados Generales en la batalla de Gembloux, cerca de Bruselas, consiguiendo así que gran parte de los Países Bajos del Sur volvieran a la obediencia al rey; se reconquistó todo el Luxemburgo y Brabante. Esta victoria fue insuficiente. Pronto estuvo angustiosamente necesitado de dinero. Dos ejércitos invadieron el Flandes español: uno francés, desde el Sur que tomó Mons; otro, financiado por la reina Isabel de Inglaterra, desde el Este. Don Juan instó a su secretario, Escobedo, que estaba en España, para que lograra que le enviasen dinero. En los Consejos de Estado y de Guerra, el Duque de Alba advertía de la arriesgada situación, sin hombres y sin dinero.
En Agosto de 1578 muere el rey Sebastián de Portugal (Batalla de los tres reyes). Felipe II es el sucesor legítimo. Esto hace que Portugal se convierta en su primer objetivo y Flandes en accesorio.