José Antonio Vaca de Osma pone de manifiesto la admiración casi unánime de la que gozó en su tiempo.
Gregorio Marañón: “El hombre más admirado de Europa” … “Don Juan no era, sin duda, muy inteligente, ni sus bríos espectaculares se asentaban sobre un carácter formado y tenaz”
El Padre Osorio: “Disfrutando de más larga vida hubiera dejado atrás la gloria de su padre y (…) de Alejandro. “Limpio de sangre, aun de los culpables, moderado en los placeres, asequible a los compañeros, tratable con los enemigos, era superior a Alejandro no sólo en la brillantez de las campañas, sino todavía más después de las victorias”.
Bennassar: “La admiración que le expresan fue un fenómeno repentino fruto de la victoria en la Batalla de Lepanto. Antes había demostrado sus dotes de jefe, valor, dotes estratégicas, pero la guerra de Las Alpujarras no era un banco de pruebas suficiente para merecer al reconocimiento internacional. Después de Lepanto no hizo nada excepcional, la toma de Túnez no fue una proeza. La batalla de Gembloux fue fruto de una genialidad de Alejandro Farnesio”.
No pudo llevar a acabo la invasión de Inglaterra y en otras ocasiones fue retenido por el rey.
Se hicieron de él y de la batalla de Lepanto múltiples estatuas y cuadros (Tiziano, El Greco) Frescos en el Vaticano, medalla, tapices. Muy significativa es la estatua de Mesina, que se hizo por suscripción popular y en la que se le describe como el Coloso de Mesina.
Escribieron sobre él y sobre la batalla de Lepanto Fernando Herrera, Alonso de Ercilla y Zúñiga, Góngora, Lope, Cervantes, el manco de Lepanto.