Estando Don Juan en el monasterio de Abrojo llegan noticias de la sublevación morisca. “La sublevación morisca era para él algo más que un estímulo, un problema que afectaba a su patriotismo, al deseo de servir a su hermano, a su ambicioso espíritu de aventura”. (Vaca de Osma op. cit.)
Inmediatamente se ofrece al rey expresándole sus vivos deseos de salir al castigo de los “inobedientes”.
A partir la firma de la paz que en 1492 entre los reyes católicos y el rey Boabdil, se van produciendo conversiones forzadas, pero con cuentagotas. Se intenta que las conversiones sean más intensas y para ello se dictan prohibiciones de usos y costumbres de los moriscos que van deteriorando la situación. En 1526 Carlos I les exige que se conviertan o se vayan a Berbería, pero la protección de los señores a los que servían evitó que esta medida fuera eficaz. En 1567 se publica una dura Pragmática en la que entre otras cosas se les prohíbe el uso de su propia lengua a partir de tres años, y de inmediato en los contratos y escrituras; se les prohíbe también el uso de sus vestidos habituales, los baños y abluciones y sus usos y costumbres; y se les impone que las mujeres lleven la cara descubierta, y el cambio de apellidos moros por cristianos. En definitiva, se les impone que renuncien a todas sus señas de identidad. Los moriscos se rebelan en el Albaicín y nombran rey de Granada y de Córdoba a Don Fernando de Córdoba y Valor, cargo importante de Granada y descendiente de los Omeyas, con el nombre de Aben Humeya. La revuelta se extiende por las Alpujarras, zona muy apropiada por su orografía. Reciben ayuda y soldados de Argel. Los rebeldes eran entonces unos 150.000, de los cuales sólo entre 30 y 45.000 estaban en condiciones de luchar por falta de armas. Llevan a cabo toda clase desmanes, queman iglesias, asesinan sacerdotes, y matan y destruyen todo lo que les huela a cristiano. La situación entre las autoridades en Granada era un tanto caótica. Se hallaban enfrentados el marqués de Mondéjar que predicaba la moderación y el Presidente de la Diputación Diego de Deza cuyas tropas cometían todo tipo de desafueros.
En 1570, el rey, cansado de la situación encarga a Don Juan la represión de la sublevación. El rey se inclina por la dureza y sustituye a Mondéjar por el marqués de Vélez, hombre de difícil trato a quien disgustaba que un joven como Don Juan estuviese por encima de él. Don Juan desaloja a los moriscos de las tierras bajas para sitiar a los rebeldes en las montañas y consigue reducirlos. Por ambas partes se cometen saqueos y pillajes. Es una guerra cruel. No olvidemos que los moriscos se consideraban igual de propietarios de aquellas tierras que los cristianos después de vivir en ellas durante casi ocho siglos. La rebelión queda sofocada. En la batalla muere Don Luis de Quijada con el consiguiente dolor de Don Juan pues había sido un padre, un mentor y un amigo para él.
A Don Juan no le ha gustado la guerra, le parece que ha sido una guerra triste.
Tras el primer intento fallido de asaltar Serón se queja al rey: “Si no lo hubiera visto por mis propios ojos nunca hubiera creído que nos pocos moros pudieran crear tal desconcierto entre los soldados. Nada podía inducirles a dar cara al enemigo…”. Y cuando el rey le recrimina por haber entrado él en la batalla Don Juan le contesta: “Con mi intervención en la desbandad de Serón conseguí que no hubiera sido destrozada al mayor parte de nuestras fuerzas. Veo claramente, Señor, que puesto que Dios me hizo diferente a los demás hombres, debo procurar ser mejor que ellos y actuar en el momento en que mis servicios sean necesarios”. No se muerde la lengua, pero aunque pudiera entenderse que siente un orgullo exagerado, interpretamos que en realidad lo que siente es la responsabilidad que le impone su origen.Es hijo de Carlos I. En cualquier caso, no es la guerra noble que él esperaba. Al final envía una carta al rey que acaba con un triste: “al fin, Señor, esto es hecho”. Es el verano de 1570. A continuación el rey ordena el traslado y la dispersión de los rebeldes por el resto de la Península. El 1 de Noviembre Don Juan ordena la deportación. Son unas 50.000 personas, según unos, 100.000 según otros, los que tienen que abandonar sus tierras y lo hacen en muy malas condiciones, lluvia, nieve, barro… Son sustituidas por unas 60.000 que se desplazan a Granada desde otros lugares de la Península.
Ya prácticamente terminada la guerra Don Juan pasa unos alegres días en Granada donde Doña María de Mendoza se reúne con él y es concebido su segundo hijo Francisco.
Don Juan ha demostrado en esta batalla y en la posterior deportación de los rebeldes, su sabiduría política y su capacidad logística pese a su juventud.
Ya se habla de una Liga que pretende crear el Papa para combatir al Turco. Don Juan se propondrá para servir a su rey en ella.