Una de las obligaciones heredadas de su padre por Don Felipe fue la de detener la expansión turca en el Mediterráneo. En la primavera de 1568 Don Felipe nombra a Don Juan “General del Mar” y a Don Luis de Requesens Vicealmirante con objeto de que éste supla las deficiencias que pudieran derivarse de la inexperiencia de Don Juan. Se crea una relación larga entre ambos. Es su asesor en la guerra de Granada y estará con él en la batalla de Lepanto. La misión de la Armada española es la limpieza de las costas de Gibraltar y garantizar la llegada de la flota de Indias.
El rey le escribe una carta llena de consejos y recomendaciones muy en el estilo de Carlos I.
Pasa a despedirse de sus padres adoptivos, Doña Magdalena y Don Luis que también le da consejos y luego de la reina y de su amante María de Mendoza y parte para Cartagena. Le pareció que la reina estaba muy mal y que no la volvería a ver.
Consigue buenos resultados. Cumple sobradamente los objetivos marcados y adquiere mucha experiencia.
A su vuelta, en Barcelona, se entera de la muerte de Don Carlos que le produce una profunda pena y recibe la confirmación de la mala salud de la reina. Vuelve a Madrid. A su llegada lo primero que hace es ir a besar la mano a la reina. La encuentra casi en las últimas. La reina Isabel muere poco después, a los 22 años. Don Juan queda tan impresionado que se retira a meditar al monasterio de Scala Coeli en Abrojo con su amigo el padre Calahorra donde permanece durante casi seis meses, hasta Abril de 1569.
En Europa sigue habiendo problemas:
En Flandes los crea en gran parte la dura política del duque de Alba. Se rompe la relación con Guilermo de Orange.
En Francia guerras entre Capetos y hugonotes.
En Inglaterra la reina Isabel, hija de Enrique VIII y Ana Bolena. lleva a cabo una política contra la Iglesia católica que acabará en la profundización de la escisión.
En la Navidad de 1568 tiene lugar la rebelión de Las Alpujarras.