A principios de 1564 Felipe ordena preparar a D. Álvaro de Bazán una poderosa escuadra para luchar contra el bey de Argel que se preparaba para atacar las plazas de Orán y Mazalquivir con la ayuda del sultán de Turquía. El bey desiste de sus planes, pero Felipe decide utilizar la escuadra para conquistar el Peñón de Vélez de la Gomera, en poder del corsario Kara Mustafá. La operación fue brillante e impresiona a Don Juan.
La isla de Malta por su ubicación geográfica era una pieza clave en el control del Mediterráneo. Por aquellos días los caballeros de la Orden de Malta están llevando a cabo un defensa de la isla de Malta que era la admiración del mundo cristiano. El Rey prepara una escuadra para ir en su ayuda. Don Juan pide permiso al Rey para ir con la escuadra. El Rey se lo niega por considerarlo “demasiado mozo” –tiene 17 años- aunque lo admira por su coraje. Cuando Don Juan insiste, finalmente el rey se lo prohíbe.
Al final Don Juan desobedece al Rey y decide partir en la Cruzada. Esto refleja su espíritu quijotesco. Cae enfermo en Zaragoza donde le cuidan y tratan de retenerle primero con ruegos y luego con amenazas el obispo, nieto de Fernando el Católico y el Gobernador, pero no lo consiguen. Siguiendo su ejemplo se incorporan a su corte viajera numerosos caballeros. Llega a Barcelona y le agasajan y le retienen unos días. Allí le alcanza una dura carta autógrafa del Rey que le obliga a resignarse y regresar.
Don Juan dice a Don Luis de Quijada: “Cedo ¡oh Luis! a los mandatos e indignación del rey que me aparta de este primer paso hacia la gloria. Que preparen inmediatamente los caballos, pues he resuelto volver mañana mismo para demostrar a mi hermano que si en algo pequé fue más por impulsivo que por obstinado.” Bellas palabras que reflejan el respeto y cariño que le inspira su hermano el rey.
Su comportamiento impresiona al Rey que piensa que sus aptitudes, su fervor y su capacidad para aglutinar gente en torno a sí, y también su obediencia deberán ser utilizadas en un futuro en empresas importantes.