Nace de manera clandestina de Carlos I ya viudo y de Bárbara Blomberg, soltera. Se oculta su nacimiento (1547 aunque algunos historiadores dicen erróneamente 1545).
A los 3 años lo lleva a España un tal Francisco Massy, tañedor de viola. Llega como un niño anónimo.
Vive en Leganés 3 años al cuidado de un cura y una mujer rústica. El secreto está muy bien guardado. No se le educa como le corresponde. A los 7 años es analfabeto. Se enteran el rey y su mayordomo Quijada y deciden cambiar el rumbo de su educación.
En 1.554, con 7 años les es entregado en su castillo de Villagarcía de Campos a D. Luis Méndez de Quijada, mayordomo del rey y a su esposa Dª Magdalena de Ulloa -que no sabe quien es -, quienes serán sus padres hasta la muerte. A partir de aquí recibe una formación más adecuada a su linaje:
En las cartas que enviaba D Luis de Quijada primero a D. Carlos y después a D. Felipe nunca le nombraba por su nombre. Era “el innombrable”.
Don Luis está lejos, en Bruselas. Jeromín se muestra como un niño dúctil, de excelentes condiciones, querido por todos que hacen exclamar a Vaca de Osma “… ¡Ah, si Don Juan hubiese sido el heredero!” (Don Juan de Austria, Vaca de Osma, José Antonio, Ed. Espasa Calpe, 1999 2004)
No tenía los problemas derivados de la endogamia como su sobrino el príncipe. Le enseñan equitación y manejo de las armas. Presta mucha atención a las artes militares, la táctica militar, el uso de la artillería. Empiezan a llamarle Jeromín.