La tercera fase – 1487 -1489
Esta tercera fase consistirá en la conquista de la mayor parte del reino. La campaña de 1489 fue la más dura de la guerra. Particularmente con el asiento de Baza que duró seis meses.
El objetivo de los Reyes Católicos no era otro que disponer de un puerto por donde poderían recibir ayudas. Hecho. Por eso, los cristianos atacaron Guadix, Baza y Almería. Con la conquista de Almería el reino Nazarí se quedaba sin puertos.
Con la toma de Almería, El Zagal tuvo que rendirse y un tratado establecía que él conservaría su título real, y se le entregaría en herencia y señorío los valles de Andarax y Lecrín. Además, tendría 20.000 vasallos moros y una renta de 4 millones de maravedíes al año. El Zagal, en situación difícil decidió vender sus estados a la Corona de Aragón y huyó a Tlemecén, a cerca del Rey de Fez.
Al final de esta fase, sólo la ciudad de Granada queda musulmana. Boabdil se había comprometido en entregársela a los Reyes Católicos después de la derrota de Zagal, pero, temiendo reacciones desfavorables de los habitantes de la ciudad, esparaba.