En 1521, el explorador portugués Fernando de Magallanes llegó a Filipinas y reclamó las islas para España. La colonización comenzó en 1565, cuando el explorador español Miguel López de Legazpi llegó y fundó los primeros asentamientos europeos en terreno filipino en la actual Cebú. En 1571, después de tratar con las familias reales nativas durante la conspiración de Tondo y tras derrotar a la tripulación del pirata chino Limahong, los españoles establecieron en Manila la capital de las Indias Orientales Españolas. Y esta entidad territorial se llamaba la Capitanía General de las Filipinas.

Ubicación de la Capitanía General de las Filipinas

En 1584 se creó la Real Audiencia de Manila, que gobernaba la capitanía cuando ésta quedaba vacante; el capitán general actuó como  gobernador y presidente de la Real Audiencia (hasta 1861).

La capitanía general subsistió hasta el 12 de junio de 1898, fecha en que los filipinos bajo el mando del generalEmilio Aguinaldo declararon su efímera independencia.