La censura de las teorias copernicanas
A pesar de pasar dos meses removiendo cielo y tierra para impedir lo inevitable, es convocado el 16 de febrero de 1616 por el Santo Oficio para el examen de las proposiciones de censura. Es una catástrofe para él. La teoría copernicana es condenada como “una insensatez, un absurdo en filosofía, y formalmente herética”.
El 25 de febrero y 26 de febrero de 1616, la censura es ratificada por la Inquisición y por el papa Pablo V.
Aunque no se le inquieta personalmente, se ruega a Galileo exponer su tesis presentándola como una hipótesis y no como un hecho comprobado, cosa que no hizo a pesar de que no le fue posible demostrar dicha tesis. Esta petición se extiende a todos los países católicos.
La intransigencia de Galileo, que rechaza la equivalencia de las hipótesis copernicana y de Ptolomeo, pudo haber precipitado los eventos. Un estudio del proceso por Paul Feyerabend (ver por ejemplo el Adiós a la Razón) muestra que la actitud del inquisidor (Roberto Belarmino) fue al menos tan científica como la de Galileo, siguiendo criterios modernos.
Este asunto afecta Galileo profundamente. Sus enfermedades le van a atormentar durante los dos años siguientes y su actividad científica se reduce. Sólo retoma su estudio de la determinación de las longitudes en el mar. Sus dos hijas entran en órdenes religiosas.
En 1618, observa el pasaje de tres cometas, fenómeno que relanza la polémica sobre la incorruptibilidad de los cielos.
En 1619, el padre jesuita Horazio Grassi publica De tribus cometis ani 1618 disputatio astronomica. En él defiende el punto de vista de Tycho Brahe sobre las trayectorias elípticas de los cometas. Galileo responde al principio por la intermediación de su alumno Mario Guiducci que publica en junio de 1619 Discorso delle comete donde desarrolla una teoría bizarra sobre los cometas, afirmando que sólo se trataba de ilusiones ópticas, incluyendo causas de fenómenos meteorológicos. Los astrónomos jesuitas del Observatorio Vaticano decían, en cambio, que eran objetos celestes reales.
En octubre, Horazio Grassi ataca a Galileo en un panfleto más hipócrita: sobre consideraciones científicas se mezclan las insinuaciones religiosas malvadas y muy peligrosas en tiempos de la Contrarreforma.
Mientras, Galileo, animado por su amigo el cardenal Barberini y sostenido por la Academia de los Linces, responderá con ironía en Il Saggiatore. Grassi, uno de los sabios jesuitas más importantes, es ridiculizado.
Mientras tanto, Galileo ha comenzado su estudio de los satélites de Júpiter. Por culpa de dificultades técnicas se ve obligado a abandonar el cálculo de sus efemérides. Galileo se ve cubierto de honores en 1620 y 1622.
El 28 de agosto de 1620, el cardenal Mafeo Barberini envía a su amigo el poema Adulatio Perniciosa que él ha compuesto en su honor. El 20 de enero de 1621, Galileo se convierte en cónsul de la Academia florentina. El 28 de febrero, Cosme II, el protector de Galileo, muere súbitamente.
En 1622, en Fráncfort, aparece una Apología de Galileo redactada por Tommaso Campanella en 1616. Un defensor bastante poco confiable, puesto que Campanella ya está condenado por herejía.
El 6 de agosto de 1622, el cardenal Mafeo Barberini es elegido Papa bajo el nombre de Urbano VIII. El 3 de febrero de 1623 Galileo recibe la autorización para publicar su Saggiatore que dedica al nuevo Papa. La obra aparece el 20 de octubre de 1623. Gracias a las cualidades polémicas (y literarias) de la obra, se aseguró el éxito en la época. No permanece más que unos meses allí en una atmósfera de gran efervescencia cultural, Galileo se convierte de alguna manera en el representante de los círculos intelectuales romanos en rebelión contra el conformismo intelectual y científico impuesto por los jesuitas.
Los años siguientes son bastante tranquilos para Galileo a pesar de los ataques de los aristotélicos. Aprovecha para perfeccionar su microscopio compuesto (septiembre de 1624), pasa un mes en Roma donde es recibido numerosas veces por Urbano VIII. Este último le da la idea de su próximo libro Diálogo sobre los dos sistemas del mundo, obra que presenta de manera imparcial a la vez el sistema aristotélico y el sistema copernicano. Encarga escribirla a Galileo.
En 1626, Galileo prosigue sus investigaciones sobre la estructura del imán. También recibe la visita de Élie Dodati, que llevará las copias de sus manuscritos a París. En marzo de 1628, Galileo cae gravemente enfermo y está a punto de morir.
El año siguiente, sus adversarios intentan privarle de la asignación que recibe de la Universidad de Pisa, pero la maniobra falla.
Hasta 1631 Galileo consagra su tiempo a la escritura del Diálogo y a intentar que éste sea admitido por la censura. La obra se imprime en febrero de 1632. Los ojos de Galileo comienzan a traicionarle en marzo y abril. Las posiciones del teólogo valón Libert Froidmont (de la Universidad de Lovaina) esclarecen bien todos los equívocos de la condena de Galileo.