Galileo, especialmente por su obra Diálogo sobre los principales sistemas del mundo (1633), cuestionó y resquebrajó los principios sobre los que hasta ese momento habían sustentado el conocimiento e introdujo las bases del método científico que a partir de entonces se fue consolidando. En filosofía aparecerieron corrientes de pensamiento racionalista (Descartes) y empíricas (ver Francis Bacon y Robert Boyle). 
-Tumba de Gailieo en Santa Croce , Florencia –
Siglo XVII – La resistencia a la separación entre ciencia y teología
La teoría del heliocentrismo, suponía cuestionar que los textos bíblicos (como por ejemplo que la Tierra fuera el centro del Universo -geocentrismo-) fueran válidos para una verdadera ciencia. Las consecuencias no solo fueron para la teología y la ciencia incipiente, también se produjeron consecuencias metafísicas y ontológicas, que producirán reacciones de los científicos
Siglo XVIII – Benedicto XIV autoriza las obras sobre el heliocentrismo
El papa Benedicto XIV autoriza las obras sobre el heliocentrismo en la primera mitad del siglo XVIII, y esto en dos tiempos:
* En 1741, ante la prueba óptica de la órbita de la Tierra, hizo que el Santo Oficio diese al impresor la primera edición de las obras completas de Galileo.
* En 1757, las obras favorables al heliocentrismo fueron autorizadas de nuevo, por un decreto de la Congregación del Índex, que retira estas obras del Index Librorum Prohibitorum.
Siglo XX – Homenaje sin rehabilitación
A partir de Pío XII se comienza a rendir homenaje al gran sabio que era Galileo. En 1939 este Papa, en su primer discurso a la Academia Pontificia de las Ciencias, a pocos meses de su elección al papado, describe a Galileo «el más audaz héroe de la investigación … sin miedos a lo preestablecido y los riesgos a su camino, ni temor a romper los monumentos» Su biógrafo de 40 años, el profesor Robert Leiber escribió: “Pío XII fue muy cuidadoso en no cerrar ninguna puerta a la ciencia prematuramente. Fue enérgico en ese punto y sintió pena por el caso de Galileo.”
En 1979 y en 1981, el papa Juan Pablo II encarga una comisión de estudiar la controversia de Ptolomeo-Copérnico de los siglos XVI-XVII. Juan Pablo II considera que no se trataba de rehabilitación.
El 31 de octubre de 1992, Juan Pablo II rinde una vez más homenaje al sabio durante su discurso a los partícipes en la sesión plenaria de la Academia Pontificia de las Ciencias. En él reconoce claramente los errores de ciertos teólogos del Siglo XVII en el asunto.
El papa Juan Pablo II pidió perdón por los errores que hubieran cometido los hombres de la Iglesia a lo largo de la historia. En el caso Galileo propuso una revisión honrada y sin prejuicios en 1979, pero la comisión que nombró al efecto en 1981 y que dio por concluidos sus trabajos en 1992, repitió una vez más la tesis que Galileo carecía de argumentos científicos para demostrar el heliocentrismo y sostuvo la inocencia de la Iglesia como institución y la obligación de Galileo de prestarle obediencia y reconocer su magisterio, justificando la condena y evitando una rehabilitación plena.
El propio cardenal Ratzinger, prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe, lo expresó rotundamente el 15 de febrero de 1990 en la Universidad romana de La Sapienza, cuando en una conferencia hizo suya la afirmación del filósofo agnóstico y escéptico Paul Feyerabend:La Iglesia de la época de Galileo se atenía más estrictamente a la razón que el propio Galileo, y tomaba en consideración también las consecuencias éticas y sociales de la doctrina galileana. Su sentencia contra Galileo fue razonable y justa, y sólo por motivos de oportunismo político se legitima su revisión -P.Feyerabend, Contra la opresión del método, Frankfurt, 1976, 1983, p.206
Estas declaraciones serán objeto de una fuerte polémica cuando en el año 2008 el ya papa Benedicto XVI tenga que renunciar a una visita a la Universidad de Roma «La Sapienza».
Es habitual en Ratzinger la cita de autores, a priori contrarios a las posturas de la Iglesia, para reforzar sus tesis, de la misma forma que cita a Paul Feyerabend al que califica de filósofo agnóstico y escéptico, cita también al que califica de marxista romántico Ernst Bloch para justificar científicamente, acogiéndose a la teoría de la relatividad, la corrección de la condena a Galileo no solamente contextualizada en su época sino desde la nuestra: Según Bloch, el sistema heliocéntrico -al igual que el geocéntrico- se funda sobre presupuestos indemostrables. En esta cuestión desempeña un papel importantísimo la afirmación de la existencia de un espacio absoluto, cuestión que actualmente la teoría de la relatividad ha desmentido. Éste (Bloch) escribe textualmente: ‘Desde el momento en que, con la abolición del presupuesto de un espacio vacío e inmóvil, no se produce ya movimiento alguno en éste, sino simplemente un movimiento relativo de los cuerpos entre sí, y su determinación depende de la elección del cuerpo asumido como en reposo, también se podría, en el caso de que la complejidad de los cálculos resultantes no mostrara esto como improcedente, tomar, antes o después, la tierra como estática y el sol como móvil’ -E. Bloch, El principio de la esperanza, Frankfurt, 1959, p. 290-. La ventaja del sistema heliocéntrico con respecto al geocéntrico no consiste entonces en una mayor correspondencia con la verdad objetiva, sino simplemente en una mayor facilidad de cálculo para nosotros.
Sin duda resulta más escandalosa para los científicos la aseveración, que también hace suya en esas mismas páginas, de C. F. von Wizsäcker: Desde las consecuencias concretas de la obra galileana, C.F. von Weizsäcker, por ejemplo, da un paso adelante cuando ve un ‘camino directísimo’ que conduce desde Galileo a la bomba atómica .
Si bien Ratzinger considera que Galileo abrió la ‘caja de Pandora’no se puede olvidar que será la Congregación para la Doctrina de la Fe o Santo Oficio quien condena a Galileo. Será asimismo la Inquisición como conjunto de instituciones dedicadas a la supresión de la herejía la que santificará la coerción, la tortura, el castigo, el ajusticiamiento y el asesinato como modus operandi necesario para preservar la verdad y el poder de la jerarquía católica. En este sentido, indica Savater, hay quienes intentan culpar a la ilustración, y por tanto también a la ciencia y a sus precursores -Galileo, Descartes…- de todos los males de los últimos siglos pero hay no hay que olvidar que: la Inquisición inauguró unos procedimientos de buceo en la intimidad de las mentes y castigo de los disidentes que después culminaron en el Terror revolucionario, el Gulag y demás abusos totalitarios que recientemente algunos hagiógrafos han cargado nada menos que a cuenta…¡de la Ilustración!.