La peste y las epidemias fueron comunes desde la edad media en los reinos cristianos, y podían en poco tiempo cambiar drásticamente la demografía de las ciudades.
Las grandes concentraciones humanas de las ciudades favorecían el contagio, así como las escasas o nulas medidas higiénicas, el desconocimiento de muchas enfermedades y el hambre, un mal constante que minaba las defensas de los vecinos.
La famosa Peste Negra de 1348 genera terror y pánico al contagio, que en el Elche lleva a que el Consejo decrete multas y azotes para prevenir la presencia de mujeres públicas, pues se consideraba que los actos de adulterio traerían consigo epidemias. Este es un ejemplo del desconocimiento de las causas de laenfermedad.
En 1494 se declara la peste en Guardamar, llevando a la poblaciones cercanas a tomar medidas para evitar el contagio. Éstas consistían, en general, en cerrar las puertas de la ciudad y controlar el tráfico de personas, prohibiendo la entrada a gente de fuera y el traslado de los vecinos a núcleos infectados.
Esta peste causa las pérdidas más importantes en Elche en el año 1522, teniendo que ser trasladados los enfermos a la ermita de San Antón y decretando cuarentenas.
En 1524 se cierran de nuevo las puertas de la ciudad, al tener noticio de peste en Murcia. En 1530 por la peste en Valencia. Será habitual en los siglos XVI y XVII los cierres de la ciudad por la noticia de pestes en el reino de Valencia.
En 1648 se declara la peste bubónica en Elche, la más intensa en duración y efectos que sufrirá la ciudad durante la edad moderna. Al mismo tiempo se da una segunda epidemia, de tabardillo, una enfermedad muy contagiosa que causa fiebre y erupción petequial.
Esta peste de 1648 causó la muerte del 24% de la población de Elche, murieron casi todos los médicos del municipio, así como los sepultureros y muchos sacerdortes y frailes que ayudaron a los enfermos. Se mantuvieron los guardias en las puertas hasta meses después de declararse la ciudad libre de la peste.
La siguiente gran peste se daría en 1676, procedente de Cartagena, pero no fue tan virulenta como la anterior. La documentación recoge que se dieron 56 casos de enfermedad, de los que 36 acabaron en muerte, de un total de unos 4000 vecinos.
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