El nombre ha ocasionado algunas polémicas. No solo por el ñ sino por su evolución. Hay muy pocos datos de época antigua, solo tenemos noticias de Estrabon, que lo denomina Chersonesos y la referencia que hace Avieno en L’ora Maritima dandole el nombre de casa Cherronesi.
Shulten propuso en un priemr momento que esta ciudad se encontraría en la desembocadura del Ebro, sin embargo, tiempo después se contradijo a si mismo situándolo definitivamente en Peñiscola.
Se ha supuesto que los romanos traducirían el nombre al latin (Chersonesos significa peninsula). Sin embargo esta linea lleva a una via muerta. Puesto que es evidente que Peñiscola no deriva de Peninsula. otra corriente de investigación sostiene que hay otra palabra en latin vulgar para denominar ínsula, es iscola. De ser así, ese seria el origen del nombre: Pene + iscola (casi isla).
Durante epoca de Jaume I el nombre evolucionaría hasta Paniscola. En el siglo XVIII comienza a registrarse el sonido ny, aunque hay evidencias de su uso anterior.