El aspecto con lo mas connotación negativo circundante de la Inquisición fue la tortura. Lo más importante de recordar sobre la tortura de la Inquisición es que no fue castigo sino estrategia de los inquisidores a receiver confesiones. Los heréticos estuvieron encerrados en cárceles sucias y pestilentes sin saber las acusaciones. Al comienzo de la tortura, los inquisidores mostraron el instrumento al herético para que confesaran de miedo. Si no confesaron, fueron desnudados y dejaran a estar allí en vergüenza.
Instrumentos de Tortura
Lo más popular instrumento usado por los españoles fue lo garrucha donde el herético fue amarrado por sus muñecas y colgado del techo. Esto causó a los hombros a salir de sus huecos. También inquisidores a veces agregaron pesos para que fuera más doloroso. Durante el herético estaba colgando, los inquisidores continuaron la tortura con el uso de otros instrumentos que mutilaba sus cuerpos. Otra manera de tortura fue el interrogatorio mejorado del agua donde los inquisidores pusieron una toalla en la boca del herético y echaban agua en su boca a crear el sentido de ser ahogando.