La derrota de los comuneros coincidió con la sublevación de las Germanías entre 1521 y 1523, levantamiento de tipo social en Valencia y Mallorca. La burguesía y los plebeyos, que disponían de armas porque así lo requería la amenaza de los piratas en las zonas próximas a las costas, se sublevaron contra el predominio de la nobleza en el interior. Los agermanados consiguieron una victoria en Gandía en 1521, e intentaron dar a la revuelta un matiz de guerra santa bautizando en masa a los mudéjares que militaban a favor de sus señores (esto será el real origen del problema morisco).