Con la mayor parte de los Países Bajos en manos de los rebeldes, los calvinistas se lanzaron a la persecución de los católicos, asesinando a religiosos y encarcelando a los católicos partidarios del rey. La independencia de los Países Bajos se identificaba cada vez más con el calvinismo, lo cual fue aprovechado por Alejandro Farnesio.
Así, las provincias católicas del sur se reconciliaron con el rey para contar con su protección contra la intolerancia que ahora mostraban los protestantes. El 5 de enero de 1579, Alejandro Farnesio firmaba con las provincias de Hainaut, Douai y Artois la Unión de Arras (23 de enero) por la que reconocían la autoridad del rey. En respuesta, las provincias rebeldes de Holanda, Zelanda, Utrecht, Güeldres y Zutphen firmaban la Unión de Utrecht por la que rechazaban cualquier intromisión extranjera en sus asuntos y creaban el estado de las Provincias Unidas de los Países Bajos o también llamada República de los Siete Países Bajos Unidos (Frisia, Groninga, Güeldres, Holanda, Overijssel, Utrecht y Zelanda). La Unión de Arras, a la que se sumaron Brabante y las restantes provincias del sur, reconoció la soberanía real sobre su territorio y declaró su confesión católica el 17 de mayo de 1579.
El 15 de marzo de 1581 Felipe II declaraba fuera de la ley a Guillermo de Orange y ponía precio a su cabeza. Éste, libre ya de toda atadura, abjuró públicamente de su obediencia al rey y consiguió que los Estados Generales reunidos en La Haya hiciesen lo mismo el 26 de julio de 1581, declarando destituido a su soberano. Mediante el acuerdo alcanzado, las provincias rebeldes proclamaban formalmente su independencia y nombraban gobernador a Francisco de Anjou, duque de Alenzón y heredero del trono de Francia. Sin embargo, el duque no era bien visto por una parte de los rebeldes y aunque éste, con ayuda de tropas francesas, intentó tomar Amberes, fue rechazado. Negociaciones posteriores mantenidas en la ciudad de Colonia entre los católicos y protestantes no obtuvieron resultado alguno