Tras la muerte de Luis Requesens, Felipe II nombró a su hermanastro Don Juan de Austria gobernador de los Países Bajos con el mismo objetivo de negociar un acuerdo. A su llegada, en noviembre de 1576 se produjo el famoso saqueo de Amberes por tropas españolas amotinadas (4 y 5 de noviembre). Este hecho puso a todas las provincias en contra de la corona e hizo que se comprometieran, mediante la firma de la denominada Pacificación de Gante (8 de noviembre de 1576), a luchar unidas para expulsar a las tropas españolas.
A principios de 1577, Juan de Austria comienza a negociar con los Estados Generales, los cuales, a pesar de todo, se mostraban profundamente divididos. Los Estados Generales reclamaban que la corona negociase con Guillermo de Orange y que las tropas españolas, especialmente los «tercios viejos», abandonasen el territorio. Juan, por su parte, reclamaba su reconocimiento como gobernador de los Países Bajos y la restauración del catolicismo como religión oficial. Aceptadas las condiciones por ambas partes, Don Juan pudo entrar en Bruselas y firmó el 12 de febrero de 1577 el Edicto Perpetuo por el que se comprometía a retirar los tercios viejos de los Países Bajos en un plazo de veinte días, eliminaba a la Inquisición y reconocía las libertades flamencas a cambio del reconocimiento de la soberanía de la corona española y la restauración de la fe católica en el país. Guillermo de Orange entró en Bruselas en el séquito de Don Juan de Austria.
Sin embargo, aunque los tercios se retiraron a Italia, la situación se deterioró rápidamente. A pesar de que se tomaron medidas que aseguraban la tolerancia religiosa, se incrementaba la autonomía política y se reconocía a Guillermo de Orange como gobernador (estatúder) de Holanda y Zelanda, al tiempo que los Estados Generales reconocían a Don Juan como gobernador, las provincias rebeldes proseguían en su empeño de alejarse de la monarquía hispánica. Las provincias protestantes, Holanda y Zelanda, no aceptaron el retorno del catolicismo. Los calvinistas ofrecieron la soberanía de los Países Bajos a Francisco de Valois, en tanto que Brabante aceptaba a Guillermo de Orange como estatúder, haciendo éste su entrada en Bruselas. Por otro lado, las provincias católicas ofrecieron la soberanía de los Países Bajos al archiduque Matías de Habsburgo, hermano del emperador Rodolfo. Los Estados Generales le nombraron gobernador en julio de 1577.
Ante estos hechos, Don Juan se refugió en Namur, al tiempo que llamaba de regreso a los tercios, los cuales arribaron a finales de 1577 al mando de Alejandro Farnesio, tercer duque de Parma. Los rebeldes se vieron forzados a evacuar Bruselas y Amberes. A principios de año, las tropas realistas se enfrentaron al nuevo ejército rebelde en la batalla de Gembloux, destruyéndolo completamente. Juan de Austria murió en Namur al contraer el tifus en octubre de 1578, nombrando como gobernador de los Países Bajos a Alejandro Farnesio, decisión más tarde confirmada por Felipe II.