El inicio «formal» de las operaciones bélicas se dio en la batalla de Heiligerlee el 23 de mayo de 1568, con la victoria de las tropas de Luis de Nassau, hermano de Guillermo de Orange, sobre las tropas locales del Imperio, que intentaban evitar la confrontación. Las tropas de Luis serían derrotadas a su vez por los tercios dirigidos por duque de Alba en la batalla de Jemmingen, quedando el ejército holandés destrozado (con apenas un centenar de muertos en el ejército real).
Esta derrota obligó a Guillermo de Orange a refugiarse de nuevo en Alemania. Con Guillermo fuera de Holanda y sin muchos apoyos y con los principales líderes decapitados parecía que el duque de Alba había terminado con la rebelión y urgió al rey a poner en práctica la segunda parte del plan, el viaje del rey a Flandes ejerciendo el papel de rey clemente con sus súbditos. El rey no pudo, o no quiso, viajar a Flandes, dejando al duque de Alba solo en su papel de represor. La falta de dinero para pagar a sus ejércitos llevó al duque a imponer un impuesto (alcabala) del diez por ciento sobre todas las compraventas, medida que fue vista como un castigo colectivo, y que volvió a poner en su contra a la población.
En 1572 el duque de Alba debe hacer frente a varios intentos de invasión. Los mendigos del mar capturan en abril la ciudad portuaria de Brielle y desde allí los puertos de Flesinga y Enkhuizen, cerrando la salida al mar de las ciudades de Brabante y Holanda, las provincias más ricas de los Países Bajos, con el fin de acabar con su comercio. El éxito de los mendigos del mar fue la mecha que volvió a encender la rebelión por la región. Las ciudades de las provincias de Holanda, Zelanda, Frisia, Güeldres y Utrecht reclamaban la presencia de Guillermo, el cual volvió por el norte al frente de un ejército, y su hermano Luis atacó desde el sur al frente de otro. El duque de Alba reaccionó y pacificó el sur venciendo a las tropas de los rebeldes que sitiaban Mons, mientras en el norte su hijo Don Fadrique asaltó y saqueó las ciudades de Malinas, Zutphen y Naarden. Tras el asedio de Haarlem, que finalizó el 11 de julio de 1573, sus habitantes pagaron 250.000 florines para escapar del saqueo. Posteriormente el duque decidió poner sitio a la ciudad de Alkmaar, cuyos habitantes decidieron romper los diques que protegían sus campos del mar, provocando la ruina de la ciudad, pero obligando al duque de Alba a levantar el sitio. Mientras, Felipe II había optado por sustituir al duque de Alba como gobernador para intentar una solución negociada al conflicto.