Todos los bandos de la guerra llegaron a comprender que España nunca conseguiría restaurar su poder sobre los territorios al norte del delta del Mosa y del Rin, y que las Provincias Unidas septentrionales nunca lograrían conquistar las provincias del sur. En 1639 una armada española llegó a Flandes con 14.000 soldados para contribuir a las operaciones en el norte. Sin embargo, la armada fue derrotada decisivamente en la batalla de las Dunas al atracar en el teórico territorio amigo inglés. Esta victoria no sólo tuvo consecuencias en la Guerra de Flandes, sino que marcó también el fin de España como la potencia marítima dominante en el mundo.
En 1643 Felipe IV dio instrucciones al secretario Francisco de Galarreta para iniciar conversaciones de paz con los holandeses que condujeran a la paz definitiva.
El 30 de enero de 1648 la guerra en los Países Bajos terminó con el tratado de Münster. Este tratado, firmado entre España y las Provincias Unidas, era sólo una parte de la Paz de Westfalia (que ponía fin a la Guerra de los Treinta Años).
La República de las Provincias Unidas fue reconocida como estado independiente y conservó muchos de los territorios que había conquistado durante los últimos compases de la guerra.