Se formó en los mejores libros y universidades de su tiempo.
Puso luz en temas complicados con lenguaje nuevo, aunando el método de intuición experimental del místico con el riguroso análisis conceptual del universitario.
Estudió teología en Salamanca, en la decena de 1560 a 1570, aún cuando sangraban las heridas de los autos de fe de Sevilla y Valladolid contra los protestantes y perdura el efecto del índice expurgatorio de libros prohibidos en 1559.
Una densa atmósfera de sospechosidad se cernió sobre las vías de mística y perfección, consideradas por Báñez en 1575, en su crítica sobre la vida de Santa Teresa de Jesús como caminos peligrosos y singulares,, y que muchos han caído en errores yendo por ese camino, y que lo más seguro es un camino llano común y carretero.
San Juan de la cruz intenta exponer la naturaleza de la unión de Dios con el alma, del modo que es posible en esta vida, y en los senderos para alcanzarla. Para ello junta la precisión teológica de la escuela de Salamanca con loa seguridad de su experiencia interna, la de los místicos franciscanos anteriores y la fuerza de expresión que encierra la poesía.
Como pensador nunca condesciende con expresiones vagas y confusas que suenen a alumbradismo, quietismo o herejía.