Carlos y sus hermanos, Leonor, Catalina, Fernando, Maria y Isabel, se educaban en la corte borgoña de su tía Margerita. El forma su inteligencia a lo largo de infancia con el francés que también fue su lengua materna y la lengua que se hablaban en el Corte. Eso significa que comunicaba con sus hermanos mediante el francés.

Carlos se educó muy religioso y tenía una fé fuerte durante toda su vida a base de que fue educado por Adriano de Utrecht, el futuro Papa, quién tambíen fue nombrado su maestro. Este Papa y su tía Margarita querían una educación humanistica para el con latín, historia, matemáticas y teología.

Aunque Carlos físicamente era un poco débil y enfermiza podría aprender las capacidades militares más importantes por su voluntad de hierro. Ya con 15 años fue declarado mayor de edad para que tía Margarita no pudo gobernar más porque fue más facíl influir a un niño como a su tía.