Desde su conquista en la edad media, la diócesis de Segorbe fue unida perpetuamente a la de Albarracín por el arzobispo toledano Cerebruno, que en 1176 cambió el título al obispo de Santa María de Albarracín concediéndole las iglesias de una Segorbe todavía no conquistada. En 1500, la diócesis se halla ya plenamente establecida y dirigida por el obispo Fray Gilberto, un monje jerónimo procedente de Alcira.
Segorbe, ciudad episcopal, tenía como iglesia principal la catedral de Santa María. A su cabildo pertenecían el deán, arcediano mayor y arcediano de Alpuente, el chante, el tesorero y ocho canónigos, dos de los cuales ejercían la cura de almas en la ciudad, por lo que la seo tenía funciones parroquiales además de catedralicias. El clero catedralicio se complementaba con los cinco oficios de obrero, escolastre, enfermero, sochantre, arcipreste y los beneficiados. Esta situación, unida a la existencia de más iglesias en la ciudad, así como al desarrollo de un clero regular que comentaremos más adelante, conllevó una fuerte presencia clerical, alcanzando a principios del siglo XVII el 8% de la población. Así mismo también conllevó una fuerte influencia religiosa que tendrá reflejos en las clases populares, sobre todo a través de las cofradías, un ejemplo claro de religiosidad popular.
Respecto al clero regular, si bien ya en torno a 1415 encontramos presencia de franciscanos en los extramuros de Segorbe, con la fundación del convento de San Blas. En 1601 se fundaría también tras los muros de la ciudad un convento de monjes capuchinos que acabarían extendiéndose a Jérica.
Será a partir de mediados del siglo XVII cuando se establezcan las primeras órdenes en el interior de la ciudad. En 1612 los dominicos se establecieron en la actual parroquia de Santa María, cercana a la catedral. Si bien se establecen en ese momento, su influencia como predicadores cuaresmales es mucho anterior. Poco después, a mediados de ese mismo siglo, los mercedarios se asentaron en la iglesia de Santa Ana de Segorbe.
Los jesuitas estaban presentes en Segorbe desde 1617, predicando la cuaresma en la catedral, pero los deseos del obispo de fundar un colegio se demoraron hasta que Don Pedro Miralles lo hizo posible, estableciéndose definitivamente en 1630. Los padres de la compañía ejercieron la docencia y dieron clases de moral en su colegio. Las constituciones introdujeron una lección sobre los casos de conciencia en los colegios, aunque no era obligatoria. Anularon de tal forma al lectoral que este suprimió sus conferencia en la seo.