La reina Isabel murió y el rey don Fernando el Católico entró en zozobra sin la compañía y apoyo de aquella gran reina. Incitado por recelos obsesionantes, el rey decidió relevar al Gran Capitán por el arzobispo de Zaragoza y, temiendo que aquel no se dejase relevar, quiso que acompañaran al clérigo Pedro Navarro con órdenes de arrestar al Gran Capitán y apresarlo en Castelnovo, y Alberico de Tenacina para agitar al pueblo en favor del arzobispo. Afortunadamente aquel proyecto no se llevó a cabo, porque don Fernando nombró a su yerno Felipe como Rey consorte Gobernador de Castilla.
Al año siguiente, en 1505, don Fernando visitó Nápoles acompańado de su nueva mujer, Germana de Foix. El Gran Capitán, conocedor de los recelos que inspiraba al rey, salió a recibirlo al mar con gran agasajo, y trató de disipar sus temores por todos los medios. A pesar de ello, don Fernando comprobó personalmente que los napolitanos tenían más aprecio a su general que a él mismo, y que con su comportamiento había decepcionado a los napolitanos y a los subordinados del Gran Capitán.
Los injustificados recelos del rey aumentaron y, ya que debía regresar a España a hacerse cargo de la situación por la reciente e inesperada muerte de su yerno Felipe I, ordenó al Gran Capitán que entregase el mando y regresase con él a España. Corría el 
año de 1507. Una vez allí le mantuvo apartado de cargo alguno. En una ocasión le había jurado por “Dios nuestro Señor, por la Cruz y los cuatro Santos evangelios que resignaría a su favor” el cargo de Maestre de Santiago, pero faltó a tan sagrado juramente y le negó lo prometido al Gran Capitán, por lo que éste se retiró a Loja, ciudad que le concedió el Monarca, cansado y desengańado. En 1512 rompió su amistad con el rey Fernando el Católico.
Fuente: http://www.ingenierosdelrey.com/personajes/s_16/fernandez_cordoba.htm