De regreso en la ciudad y tras un enfrentamiento en Iztapalapa, Cortés pudo reunirse con sus compañeros en el palacio de Axayácatl desde el que se defendían de constantes ataques. De acuerdo a Díaz del Castillo, Cortés había llegado con más de mil trescientos soldados, noventa y siete caballos, ochenta ballesteros, ochenta escopeteros, artillería y más de dos mil tlaxcaltecas. Pedro de Alvarado había mantenido cautivo a Moctezuma, junto con algunos de sus hijos y varios sacerdotes.
En un intento por traer la paz, Cortés hizo que Moctezuma subiera a uno de los muros del palacio para que hablara con su gente y los tranquilizara; sin embargo, la multitud enardecida comenzó a arrojar piedras, una de las cuales hirió a Moctezuma de gravedad durante su discurso. Moctezuma fue llevado al interior pero falleció tres días después a causa de la herida. Su cuerpo y el de Itzquauhtzin fueron llevados fuera del palacio por dos sirvientes del tlatoani. La convivencia entre Cortés y Moctezuma había creado un vínculo de amistad y el tlatoani antes de morir pidió a Cortés que favoreciese a su hijo de nombre Chimalpopoca.Al morir, Cortés y los capitanes que habían arraigado a Moctezuma entristecieron.
El palacio quedó cercado, sin agua, ni alimentos, y el Tlahtocan (concejo) eligió como nuevo tlatoani a un primo de Moctezuma, Cuitláhuac. En esas circunstancias, Cortés se vio forzado a abandonar la ciudad. Organizó el escape ordenando cargar la mayor cantidad de oro posible. Para impedir la huida de los españoles, los mexicas habían desmontado los puentes de los canales en la ciudad, Cortés utilizó las vigas del palacio de Axaycácatl para improvisar puentes portátiles.
..«Todo lo cogieron, de todo se adueñaron, todo lo arrebataron como suyo, todo se apropiaron como si fuera su suerte. Y después que le fueron quitando a todo el oro, cuando se lo hubieron quitado, todo lo demás lo juntaron, lo acumularon en la medianía del patio, a medio patio; todo era pluma fina»..
Historia general de las cosas de la Nueva España.
Cuitláhuac.
El 30 de junio de 1520 durante la noche, Cortés salió de Tenochtitlan. Ochenta tamemes tlaxcaltecas fueron previstos para transportar el oro y las joyas. Adelante marcharon Gonzalo de Sandoval, Antonio de Quiñones, Francisco de Acevedo, Francisco Lugo, Diego de Ordás, Andrés de Tapia, doscientos peones, veinte jinetes y cuatrocientos tlaxcaltecas. En el centro transportando el tesoro, Hernán Cortés, Alonso de Ávila, Cristóbal de Olid, Bernardino Vázquez de Tapia, la artillería, Malintzin y otras mujeres indígenas, Chimalpopoca con sus hermanas, los prisioneros mexicas y el grueso de las fuerzas españolas y aliadas. En la retaguardia Pedro de Alvarado, Juan Velázquez de León, la caballería y la mayor parte de los soldados de Narváez.123
Sólo consiguieron salir los primeros ya que, descubiertos y dada la voz de alarma, fueron acosados desde canoas, muriendo unos ochocientos españoles y gran número de aliados, además de perder cuarenta caballos, cañones, arcabuces, espadas, arcos y saetas de hierro, así como la mayor parte del oro. Entre las bajas se encontraron el capitán Juan Velázquez de León, quién había sido fiel a Cortés a pesar de ser pariente de Diego Velázquez de Cuéllar, Francisco de Morla, Francisco de Saucedo,130 Cacama, dos hijas de Moctezuma y Chimalpopoca. El propio Cortés fue herido en una mano. Los supervivientes escaparon por la ruta de Tlacopan, episodio en el que el cronista López de Gómara describió el salto de Pedro de Alvarado en el puente de Toltacacalopan, mismo que fue desmentido por Díaz del Castillo. Todos los cronistas coinciden con el llanto de Cortés en la Noche Triste:
.. «Cortés a esto se paró, y aun se sentó, y no a descansar, sino a hacer duelo sobre los muertos y que vivos quedaban, y pensar y decir el baque la fortuna le daba con perder tantos amigos, tanto tesoro, tanto mando, tan grande ciudad y reino; y no solamente lloraba la desventura presente, más temía la venidera, por estar todos heridos, por no saber adónde ir, y por no tener cierta la guardia y amistad en Tlaxcala; y ¿quién no llorara viendo la muerte y estrago de aquellos que con tanto triunfo, pompa y regocijo entrado habían?»
Historia general de las Indias, Francisco López de Gómara.
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