Una vez se produce la unión dinástica, tiene lugar una reestructuración del orden establecido. Dada la nueva situación, en la región valenciana se producirá un alzamiento contra la monarquía dados los nuevos tiempos a la llegada del emperador Carlos V, este proceso derivará en el conflicto de las Germanías del año 1521.
Este conflicto no es otra cosa que un reflejo del fin de los conceptos medievales arraigados al feudalismo a la entrada a la modernidad. Las causas desencadenantes están arraigadas a los ámbitos político, económico y social. Políticamente las clases populares urbanas son excluidas del poder local que caerá en manos de una selecta oligarquía. Económicamente la barrera se encuentra en quedar el reino de Valencia, así como la Corona de Aragón excluido de las grandes empresas que han reportado riqueza. En cuanto al panorama social entramos en la descomposición del sistema productivo medieval por excelencia como son los gremios.
La guerra producida no sirvió en ningún caso para mejorar la situación de los componentes afectados, es más, tras la victoria de la monarquía fueron duramente castigados, a lo que se suma la ruina que provoca el desarrollo de una guerra.
En este panorama se extiende en los social afectando al conjunto mudéjar, que tendrá que someterse a las exigencias rebeldes en el contexto dado, y que, si bien tuvieron que colaborar, es un hecho indicativo que no entran en la idea de conjunto, pues aunque tuvieron lugar conversiones, es un brote de la posterior ira que caerá sobre ellos con su expulsión en el año 1609.