En 1387 nace el Tribunal superior encargado de administrar justicia, en el momento que Juan I de Castillo dio el nombre de Chancillería a las Audiencias creadas por Enrique II para administrar justicia. Contaba con ocho oidores (letrados), dos prelados y chancilleres de gracia y justicia, cuya misión era sellar los documentos.
El sistema se legaliza su sede definitivamente en Valladolid en el año 1489. Las Ordenanzas de 1486 describen su composición: un presidente, un alcalde de la sala de lo criminal, oidores de las 4 salas de lo civil, más una sala de hijosdalgos nobles, y una sala de Vizcaya con un juez mayor que veía en alzada los litigios procedentes del señorío. Entendía en apelaciones y, en primera instancia, en “casos de Corte”, pleitos sobre determinados delites reservados a la Corona: delitos contra personas, contra la honestidad, de traición, delitos contra el rey, etc.
A través de visitas periódicas a las Chancillerías se trató de asegurar que realizasen su tarea. Estas visitas fueron frecuentes durante el siglo XVI, pero en el siglo XVII solo se produjo una vez.
El presidente estaba autorizado para castigar oidores, pero no parece que lo hiciera normalmente. La Chancillería conocía pleitos sobre pruebas de nobleza, a través de los alcaldes de hijosdalgo, que formaban una sala independiente.
Además de ello la Chancillería era un tribunal de apelación, para certificar que los fallos de las justicias locales en causas criminales eran conforme a la ley, para revisar las quejas contra los magistrados locales, pleitos acerca de los límites entre pueblos vecinos.
También tenía funciones administrativas. Concedía licencias a abogados y procuradores, realizaba inspecciones semanales a las cárceles reales, revisaba actividades de funcionarios locales o vigilaba que los edictos reales fueran incumplidos.
En el XVI se crearon las Audiencias, tribunales parecidos a las Chancillerías, pero de inferior categoría.