A pesar de la derrota de Espadán en 1526 y la desaparición formal de la minoría mudéjar, los moriscos siguieron conservando rasgos propios de identidad, e incluso llegaron a adquirir redoblado protagonismo con episodios de bandidaje y saqueo en la región. En parte como consecuencia de estas actividades, pero también por el motivo puramente religioso que había predominado previamente, los obispos predicaban con mucha frecuencia a favor de la expulsión y del exterminio, enviando incluso cartas al Rey en ese sentido, si bien es cierto que en otras ocasiones, por el contrario, reconocían el valor económico que suponían estas poblaciones, al tiempo que se mostraban partidarios de la predicación pacífica, conscientes de que muchos de ellos acudían regularmente a misa y se habían convertido de buena fe al cristianismo. En 1603, el obispo Feliciano de Figueroa escribe a la Santa Sede una misiva donde muestra su absoluta preocupación por los más de 300 fieles moriscos que asisten regularmente a oír misa y a las fiestas religiosas.
Hacia 1609, Agustín Mexía, anteriormente comandante de los tercios de Flandes y famoso en toda España, llegó a la capital valenciana con la intención oficial de revisar las fortificaciones del Reino. Las reuniones secretas con magistrados y obispos no hicieron sino avivar los reuniones de una inminente expulsión, de modo que los señores y los moriscos enviaron emisarios al monarca Felipe III para conocer la situación. Sin embargo, no obtuvieron respuesta.
Durante los años siguientes, la incertidumbre se acrecentó hasta límites insoportables en la sierra de Espadán, pero lejos de producirse ataques como los que sí se sufrían en la ciudad de Valencia o el camino real de Castilla, las fuentes señalan que en las semanas previas al inicio de la expulsión, en Segorbe y la Sierra de Espadán, el principal problema al que hubo de enfrentarse la justicia real no fue la violencia antimorisca o el bandolerismo morisco, sino el aumento significativo de la fabricación clandestina de moneda. Los moriscos, en previsión de la expulsión, empezaron a almacenar la buena moneda y a fabricar falsificaciones para pagar sus últimas compras. Todo aquello que no podía transportarse fácilmente lo vendieron a bajos precios.
La Corona, consciente del carácter estratégico de la sierra de Espadán y de anteriores resistencias en esta región (como en la famosa guerra del siglo anterior que hemos comentado en posts anteriores), fortificó esta región y mandó estacionar allí a los tercios italianos recién desembarcados, que ocuparon a su vez distintas posiciones alrededor de los pueblos de Valencia y Castellón. Así, cortada cualquier posibilidad de rebelión, los moriscos fueron acompañados entre octubre y diciembre de 1609 por las tropas hasta Vinaròs, donde embarcaron al norte de África para no volver nunca más.