El secuestro real y el pleito de incorporación de 1575- 1619

La muerte del duque don Francisco de Aragón en 1575 sin heredero directo abrió un nuevo episodio en el conflicto por el señorío de Segorbe que se alargaría hasta el siglo XVII. Las hermanas del duque entraron en una serie de pleitos para que se fijase la forma de reparto de la herencia. Sin embargo, la nueva circunstancia también provocó la reacción de los acreedores que exigieron el cobro de las deudas del ducado. Esto provocó la intervención real decretando que el señorío fuese secuestrado y puesto bajo la administración de funcionarios reales. La ciudad aprovechó este momento para plantear un pleito de incorporación a la Corona que se prolongaría durante casi cinco décadas.
En 1581 una sentencia fijaba la graduación de acreedores y, en consecuencia, podía empezar a plantearse la recuperación del señorío por su legítima heredera la duquesa doña Juana. Sin embargo, la prosecución del pleito de la ciudad de Segorbe retraso e impidió que este hecho se produjera tan fácilmente.
En las cortes de Monzón de 1585, la duquesa consiguió que el monarca aceptase la devolución del patrimonio y se procediese al fin del secuestro, sin embargo, esto no afectó a la ciudad de Segorbe, que quedaba fuera de los territorios que podía recuperar la duquesa. En 1596 nuevamente doña Juana pretendió recuperar la ciudad y el ducado, pero el pleito continuaba sin resolverse.
La expulsión de los morisco en 1609 y la posterior repoblación del territorio que estos ocupaban generó una coyuntura favorable para plantear nuevamente la recuperación de la ciudad de Segorbe. En 1611 el duque don Enrique de Aragón, nieto de doña Juana, solicitaba al monarca que le permitiese tomar posesión de Segorbe. La voluntad real no fue de oposición frontal, sino que pretendió garantizarse económicamente la situación con fianzas por parte del duque antes el caso de que la sentencia fuera favorable a la incorporación de Segorbe a la Corona, por lo que la petición quedó finalmente en nada.
La ciudad se movilizó llevando al Consejo Supremo de Argón un nuevo conflicto contra el duque sobre un censal, mientras que la familia de don Enrique resolvía problemas de patrimonio. En 1615 el duque ordenaba a sus agentes que prosiguiesen todos los pleitos para recuperar las propiedades.
Este es el contexto en el que se llega a 1619, cuando el Consejo de Aragón resuelve finalmente un dictamen en el que, si bien no se definía por la devolución total, tampoco se oponía a que el rey permitiese la toma de posesión de Segorbe por el duque, siempre y cuando se continuase el pleito hasta su sentencia definitiva. Felipe III aceptó la sugerencia del Consejo y el 5 de marzo de 1619 firmaba una cédula real que levantaba el secuestro de la ciudad y del ducado, mandando a sus autoridades que dicen posesión del mismo a don Enrique de Aragón, poniendo como condición que este acordase con la ciudad las condiciones de la toma de posesión.
La ciudad de Segorbe vivió momentos de gran tensión y enfrentamiento. Los dos bando se organizaron entre quieres pretendían negarse a dar la posesión al duque y los que aceptaban pasar a formar parte del señorío. Estos últimos, recompensados generosamente por los agentes ducales, fueron los que dominaron finalmente la asamblea. Así, el 17 de marzo el duque don Enrique firmaba la escritura pública de aceptación de las condiciones presentadas por la ciudad de Segorbe, tomando posesión de la misma.