Desde finales del siglo XV operaba en Valencia el tribunal de la Inquisición. Hubo más miles de procesados en la ciudad de Valencia por el Tribunal de la Inquisición entre 1530 y 1609, aunque estos también procedían en ocasiones de otras partes del Reino. Comparándolo con otros tribunales, podemos ver que el Tribunal valenciano era uno de los más duros, solo superado por los de Zaragoza y Granada.
Las minorías fueron las grandes víctimas del Santo Oficio valenciano durante el siglo XVI, con cerca del 70% de los procesados. Entre 1480 y 1530 fueron detrás especialmente de los judíos (dentro del contexto de la expulsión de los mismos), mientras que a partir de esa última fecha se cebaron especialmente con los moriscos. En cuanto al resto de las causas abiertas cabe figurara aquellas vinculadas con el sexo (bigamia, solicitaciones, sodomía, etc.), con cerca del 12% de los procesados, y luego las vinculadas con cuestiones ideológicas (luteranismo, herejía, blasfemia, etc.) que suponían el 18% de las causas. Sexualmente, los procesados fueron en su mayoría hombres, cerca del 85% a comienzos del siglo XVI, aunque esta gran diferencia se fue reduciendo conforme fue abarcando la centuria.
Entre las penas impuestas, si bien a comienzos de siglo nos encontramos con un estremecedor 45% de condenas a muerte de entre todos los procesos inquisitoriales en Valencia, a finales de la centuria vemos que estas se redujeron enormemente a cerca de un 4,06%. De esto podemos deducir que el Santo Oficio persiguió sobre todo a la comunidad judía, siendo más “benevolente” con los moriscos a los cuales solo se solía 
condenar a muerte en caso de trato con Argel o a los inductores de prácticas musulmanas. Conforme a los casos que conocemos, podemos determinar que cerca del 44% de los procesados fueron penitenciados durante el siglo XVI.
La tortura, utilizada únicamente en un 5% de los procedimientos en los tribunales ordinarios, fue comúnmente empleada por la Inquisición valenciana y cerca del 30% de los prisioneros del Tribunal fueron sometidos a tortura. Las más usadas eran el potro y la garrocha, aunque también fue común enviar a los condenados a remar en galeras, La condena a muerte, aunque como ya hemos dicho era algo menos frecuente, era llevada a cabo normalmente por el brazo secular e iban desde la conocida hoguera hasta la llamada “muerte en estatua” que consistía en desenterrar el cadáver una vez ya muerta la persona (si esta había muerto y luego había sido condenada, como por ejemplo la madre de Luis Vives) y quemaban el cadáver.
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