En Valencia se compuso una de las universidades que daría más apoyo al estudio de las ciencias. Sería establecida por el Papa Alejandro VI y confirmado por el rey católico D. Fernando. Este proyecto, fue ideado por el rey D. Jaime en 1238, para que todos los territorios de Valencia pudieran acceder al conocimiento, sin embargo no se pudo llevar a cabo en esas fechas tan tempranas.
No fue hasta 1492 cuando se vislumbraron las primeras opciones para poder constituir el Estudio General tan deseado. Esto fue así gracias a Don Rodrigo de Borja, quién obtiene los sufragios del Cónclave y sube al Sólido Pontificio, tras la muerte de Inocencio VIII. Con ello, el paso al siglo XVI significaría la formación de una Universidad en la ciudad de Valencia.
En 1499 se aprueban los estatutos que la Universidad deberá seguir, y al año siguiente Alejandro VI consiguió las bulas que permitirían la creación de la Universidad. El 13 de Octubre de 1502 se inauguró oficialmente en un gran acto ante todos los habitantes de la ciudad.
Se nombró como rector a Micer Gerónimo Dassio, y desde ese momento se trató de abarcar más ramas de enseñanza, además de mejorar la organización del centro. Finalmente, en 1520 se formó una Junta de Doctores de todas las facultades para revisar los estatutos y así formar las reformas que fueran convenientes. Sin embargo, eran malos tiempos ya que las guerras asolaban el país, lo que condujo a que se produjeran pocos cambios. Al mismo tiempo, la falta de recursos afloraba, y era difícil sostener la Universidad, hasta el punto de que se pidió su cierre en 1522.
Sin embargo, los valencianos no querían tirar la toalla, ya que habían luchado para su construcción, y es por ello que se continuó la labor e incluso pudieron añadir nuevas cátedras como es la de griego.
Finalmente, en 1561 se logran formar y publicar nuevos Estatutos, con algunos cambios con respecto a los anteriores, y así funcionar y colocarse al mismo nivel que otras universidades del país.
Los Catedráticos, tenían cierta libertad en sus asignaturas, pudiendo escoger los autores y libros que se usarían para impartir las distintas asignaturas. Tan sólo debían fijarlos junto al Rector, además de las horas de clase y el aula que ocuparían. Las clases consistían en la lectura previa del maestro de la materia acordada, tras ello exponer lo que el autor refleja y para finalizar, argumentar las ideas planteadas. Al no poder exponer en clase las dotes intelectuales, se organizaban disputas escolásticas para mostrar los conocimientos adquiridos.
En cuanto a la carrera, no tenía fijado un límite de asignaturas o años. Sí fueron especificados unos mínimos requeridos para la graduación, pero no un límite.
Señalar por último, que los estudios en la Universidad de Valencia llegaron a altos niveles, convirtiéndose en referencia para el resto, siendo nombrada por algunos autores valencianos como la Atenas Española.
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